總統府「新南向辦公室」主任黃志芳將派駐新加坡，據了解，新政府新南向政策的推動，將由總統府及國安會擬定綱領方針，由行政院規劃執行，以落實政策。有媒體報導，「新南向辦公室」將與經濟部的「經貿談判代表辦公室」整合，隸屬行政院將成立的對外經貿談判辦公室，不過總統府對此沒有說明。
總統蔡英文8月16日在國安會的機制下，召開「對外經貿戰略會談」，通過《新南向政策政策綱領》，確立蔡英文主持的「對外經貿戰略會談」下設的新南向專案作為決策機制，行政院則設有分別是院長、政務委員層級的推動機制，分別是行政院「國際經貿策略小組」的新南向政策推動專案、新南向政策工作小組。因黃志芳的「新南向辦公室」不在這個架構內，屢遭外界質疑是「黑機關」的該辦公室，在新南向政策扮演的角色，當時就引起質疑，如今當初受命落實新南向政策理念的黃志芳又將外派，外界也關切「新南向辦公室」將因此弱化。
新政府上任後，擬定推動新南向政策的策略綱領，由蔡英文重要的兩岸政策幕僚、國安會諮詢委員傅棟成負責，而「新南向辦公室」則是總統府處理有關新南向政策的對外平台，黃志芳經常至民間各機關單位演講，闡述新南向政策的理念，也將民間的意見或需求帶入總統府，或傳達給相關的駐外使館。
根據《新南向辦公室設置要點》，該辦公室是任務編組，目前除黃志芳外，由2名職員，另外經濟部、對外貿易協會分別派駐有1人支援。
