中研院的研究人員做著和大學相類似的研究工作，卻不必負擔沉重的大學部教學。而中研院院長往往忘了，他應該是臺灣學術界的院長，而不只是那幾個研究所的院長。他頂著學術權威的桂冠，影響國家科技政策的走向，在為中研院爭取自家的研究資源上幾乎無往不利。像2003年基因体中心的成立就是個好例子。在那之前，中研院對基因体研究從未曾有任何著墨，但是為了搶搭人類基因体計畫的熱潮，李遠哲院長公開不斷地提出呼籲，要求政府投入資源發展基因體研究。
當時學界的共識是成立一個功能性的「國家基因體研究中心」，以推動實質研究計畫，並隨時保持調整的彈性並定期評估其成效。但在中研院主導的一次座談會後，結論成了中研院是最適合設立核心實驗室提供服務的機構。隨後花了12億蓋大樓成立了「中研院基因體研究中心」，並邀請從來沒作過基因体研究的翁啟惠為創所主任。到今天還有人戲稱中研院基因体中心什麼研究都做，就是不作基因体研究！
許多院士們也常常忘了他們應該關心臺灣學術界整体的發展，而不是如何擴大中研院自家研究的版圖而己。近年來中研院增加各研究單位，像應用科學中心、農業科技研究中心，生技園區等等，無一不是透過院士會議或院士們的背書而成立。這些科目當然都很重要，但為什麼要擺在中研院，成為中研院轄下的獨立王國？而不是一個整合、協調全國重點發展的中心？院士們無心隨興式地想像，沒有針對臺灣的環境與條件作全面而具體的審議，使得中研院急速成長成一頭需索無度的怪獸。
中研院年度預算的巨幅成長，對台灣整體學術的發展究竟帶來了什麼樣的影響？中研院在快速成長的過程中，以優渥的經費及軟、硬體設施，吸引到最好的研究人才，但卻走上了與大學完全相同的研究模式。中研院和大學之間的關係也就從互補轉變成競爭。一方中研院以大學無從負擔的獎學金為誘因和大學搶研究生；另一方面，挾持著出版論文數量的優勢，中研院研究人員也紛紛跳出來，和大學老師競爭科技部以及各種國家型計畫有限的研究經費。許多年青研究員帶著超額的研究經費，很快就從「科學家」變成了「科學經理人」了。當計畫與各種報告殺掉了研究者所有能靜下心來思考的時間，就不難解釋為什麼中研院突破性研究的成長無法追上經費增加的幅度。
缺少對學術發展長期、深刻的反省與學術界一貫的鄉愿成就了中研院的現狀。因此中研院未來真的想要扮演台灣學術界的領導者，它就必須要有新的思維與創造新的研究文化的企圖心。中研院有自己的研發經費與不同學科領域的學術人才，本來應該可以作一些更前瞻性的規劃，做一點在大學不容易做或是做不到，像是跨領域人才的培育和研究。
過去中研院自認是高級研究機構，而不屑投身大學部教學的改革。其實中研院比臺灣任何大學都更有機會，也更應該針對未來科學與社會發展的趨勢，去嘗試建構一些學科整合的大學部學程。課程內容的規劃，教學講義的編纂到教學現場的變革等等，中研院絕對有能力扮演更多和更積極的角色。
另外中研院在基礎研究上也應該揚棄傳統在大學裡的作法。美國早年的貝爾實驗室其實是中研院應該效法的典範：沒有研究生而是由不同領域的研究人員聚集一堂，親自動手，共同去探索一些科學前沿的大問題。只有這樣，中研院才有可能在臺灣建立的一個獨樹一格的研究風格，擺脫論文數量與影響指數的魔咒，真正成為帶領臺灣學術發展的典範。
當然新的研究文化的建立，需要有遠見的領導者與適當外在的壓力。對新上任的中研院院長，我們應該要有異於常情的期許，他不該是個溫、良、恭、儉、讓的老好人。他應該要有帶領中研院成為臺灣學術研究典範的視野與作為，而不是追隨兩位前任院長的腳步，讓中研院繼續成為一個尾大不掉的怪獸。
＊作者為陽明大學退休教授
