從浩鼎新藥案引發中研院翁啟惠院長利益迴避的風波，到李遠哲臨時修改院長選舉辦法所帶來的爭議，把中研院角色、定位的問題再度推上檯面，成為媒体關注的焦點。不過如同往常一樣，經過一個多事紛擾的炎夏之後，大家似乎早把這個直屬總統府，年度預算170多億，號稱全國最高學術領導機構，對臺灣未來學術發展究竟應該扮演什麼樣的角色，己全然淡忘而拋諸腦後了。
其實不要說一般媒體或社會大眾，就連歷任總統都沒有一個人搞清楚過，總統府為什麼要有一個每年花掉170多億預算的研究機構？歷任總統除了每兩年的院士會議中，行禮如儀地期許中研院院士能多為國效力，或讚揚中研院研究成果豐碩外，看不見任何具體政策性的宣示。而釐清中研院院士會議與所轄各研究單位的角色與定位，正是整個問題的徵節。歷任總統、院長在這個問題上都交了白卷！
從中研院發展歷史的脈絡來看，院士會議與中研院所轄各研究單位間是沒有關係的。中研院創立於民國十七年，首任院長為蔡元培先生，它一開始是先有研究所的。中研院設置研究所有它特定的時代背景。民國初年全國處於兵荒馬亂之際，蔡元培先生提出「唯一之救國方法，止當救亡圖存，致意青年有志者，從事於最高學問，歷二、三十年沈浸於一學。」因此當時成立研究所的目的，是試圖傾全國之力在中國的文化沙漠中，建立一個庇護所，希望得以呵護一絲學術命脈的延續。
而院士會議則是民國37年仿國外制度設立，就全國學術界成績卓著人士互選出終身名譽職的院士，組成院士會議。民國37年中研院正式選出數理、生物與人文三組共計81位院士。而政府遷臺之後，到民國46年才再恢復院士選舉。院士會議其法定職權為：1. 選舉院士及名譽院士；2. 選舉評議員；3. 籌議國家學術研究方針；4. 受政府及有關單位之委託，辦理學術設計、調查、審查及研究事項。由此看來院士會議可以是全球華人學術精英的社團，隸屬總統府以彰顯其祟高的地位，扮演國家智庫等等的角色自無不可。中研院院士會議的角色、定位明確，並無任何含混不清之處。
但另一方面，近90年前設置研究所的初衷，早已因時空環境的改變而己不存在了。討論中研院內各研究單位的角色與定位時，必須擺在全國學術發展的大環境中討論才有意義。我們要問中研院的研究所，在今天台灣的學術界中，究竟扮演著什麼樣的角色？譬如說中山科學院設置的目的是以發展國防科技為職志，工研院是台灣產業研發的主力，中華經濟研究院是政府的智庫。中研院強調的是基礎研究，但是它與大學裡的基礎研究有什麼不同？如果說中研院是在培育高級人才，大學不也在做同樣的事！
