所以根本輪不到台灣人開口，毛澤東和蔣中正便決定了台灣孤懸海外的命運。尤其是第7艦隊派出「台灣巡邏部隊」（Taiwan Patrol Force）巡視台海之後，絕大多數台澎金馬居民接受了此種自由地區「實質獨立」於大陸地區的現狀。想要反抗國民黨的統治，無論是本省人還是外省人，認同「紅色中國」幾乎是唯一的途徑。
哪怕是接受過日軍飛行訓練，晚年成為獨派的黃華昌老先生，都一度以到東北佳木斯參加中國人民解放軍空軍做為反抗國民黨的手段。從這個角度來看，沒有理由懷疑白色恐怖主要針對的是「統派」，而且還是主張台灣接受中華人民共和國統治的「紅色統派」。尤其1955年以前的海軍白色恐怖，受害者更清一色以外省人為主，不可能有台獨支持者存在。
馬尾海軍大清洗
許多人認為，海軍總司令桂永清在台灣發動白色恐怖的目的，是因為有大量海軍艦艇在1949年2月到12月的這段時間內叛變投共。但有更多證據顯示，是桂永清針對馬尾系海軍人馬清洗在先，才導致如此多的海軍艦艇叛變。到底哪種說法為真，不是筆者想在此討論的議題，但桂永清對馬尾海軍的清洗確實是早在大陸時代就已經開始了。
雖然抗戰勝利後，蔣中正就已經解除了馬尾海軍大老陳紹寬的海軍總司令職務，但是以海軍軍官學校校長魏濟民為代表的馬尾海軍元老仍在海軍中掌握著重要職務。這讓陸軍出身，擔任海軍總司令的桂永清難免感到芒刺在背，極其希望將魏濟民的勢力除之而後快。而當時正在訓練階段尾聲，即將畢業並大規模登上軍艦服務的海軍官校36年班、37年班與38年班學生，就成了他的下手目標。
抗戰爆發後，原本位於福建馬尾的海軍學校因為中國海岸線被日軍佔領的關係，搬遷到位於內陸的貴州桐梓。而上述三個年班的海軍官校學生，都是在抗戰的時候考入桐梓海軍學校接受訓練的，所以通通被視為魏濟民人馬看待。此外在1949年2月25日隨重慶號巡洋艦叛變的艦長鄧兆祥，又是桐梓海軍學校的訓育主任，更是讓桂永清找到了整肅這三個年班學生的理由。
大規模的清洗與濫殺，在中華民國海軍官校尚未遷台時就已經展開。根據海軍官校41年班畢業，曾於重慶號巡洋艦上服務的仉家彪老先生回憶，他好幾個37年班畢業的區隊長在廈門便遭到情治人員殺害。而且死法相當悽慘，是被裝入麻布袋丟入海中，讓本身不在「清洗範圍」中的仉家彪回憶起來都感到不寒而慄。
38年班畢業的徐學海將軍表示，他們65名一起進入桐梓海軍學校受訓的同學當中，只有39人順利完成訓練。這些沒有完成訓練的同學，不是遭到桂永清殺害，就是坐了冤獄永久沒有辦法回到海軍服務。還有一些人在廈門的時候，就因為害怕自己被殺，直接開小差逃跑了。可見桂永清的大清洗，給海軍建設帶來了極大的破壞。
