綜合以上，不舉手校長的心理素質比舉手校長的為高，但不能苛責六位校長傻傻舉手，因為長年以來立委在專案（預算）會議，敲打他案早成慣例，若能因此促成預算順利通關，即屬萬幸，隨便舉例，十四年前扁朝立法院的同一場景，即有立委要凍結基金統刪預算，嚇得大學校長們齊聚立法院並發表共同聲明，最後在委員被刪被凍結的預算，在全院聯席會議記名表決才得以順利通過；至於學產基金等到底該如何管理監督？更是前總統李登輝時期就受到關注的議題，數十年如一日，但不論怎麼稽核監督，都比立委插手要來得正常。而立委愈想插手大學事務，就愈助長校長們在立法院手足無措的窘境。
這場景，總統不在現場都要吐血，總統府聲明痛斥這是「傷害學術自由的政治審查」、「政治勒索」。總統府的嚴厲聲明也很戲謔，因為就在一年多前，民進黨立委反反覆覆地在教育委員會以退回預算或質詢，政治勒索「卡管」，總統府沒有一絲一毫認為傷害了學術自由，朝野立委競相模仿，正是權力者助長了立法院這隻怪獸。
所謂「關己則亂」，只有六位校長舉手相信論文為真，讓總統府憤怒，很遺憾，立委行使職權不是總統或總統府可以置喙，倘若立委問的是「不相信論文的舉手」，結果如前所述，總統府大概就不會發表自失方寸的聲明。「蔡博士」的論文，立委說了不算，校長們舉手也不算，遺憾的是，論文當事人的處理，乃至獨派學者愈質疑愈多的謎團，都讓「論文門」陷入死結，連論文補送進國家圖書館典藏，都被質疑是個人（總統）特權送入，違反國圖典藏規定。
論文真偽與權力無關，與誠信和學術倫理相關，愈是想用權力解決問題，愈是讓問題複雜化，套用追索論文真相鍥而不捨的林環牆教授的說法：「這是完全超越統獨立場的思考，也與政治爭鬥無關。不管你對於未來國家的想像為何，如果不是建立在誠實，正直，良善，以及公義等的道德基礎上，又有何意義呢？」就像立委行使職權要靠自律，總統的誠信當然無法倚仗校長們舉手表態。
