到1998年2月，林清江接任部長，更貿然主張「以學科能力測驗分發」，意欲自2001學年度起，與國民中學升高中同步廢除「聯考」之名。教育部於是委託臺灣大學李嗣涔教務長以半年時間研究，匆匆推出新案。
「大學招生策進會」（大學招生委員會聯合會——大學招聯會的前身）於1999年6月的會議中拒絕躁進，決定延後一年，至2002學年度起才實施同名而異質的新《大學多元入學方案》。該案採甄選入學與考試分發兩管道並行，其實相當於新甄選與舊聯考並行的「春甄夏發」。甄選管道包括學校推薦與個人申請兩者（不久，只剩個人申請），分發管道則甲、乙、丙三案並行。當時就遭「多元入學亂多元」之譏！
其後教育當局慮及「申請制」不利偏鄉，為顧慮消減城鄉差距，自2006年起又推出「繁星推薦」管道。自2015學年起又鼓勵大學增加「特殊選才／單獨招生」管道（如清華大學的「拾穗計畫」及臺灣大學的「希望入學」等）。大學的招生單位訴說，現在總共需要面對近十個招生管道，實不勝其擾！高中教師、家長與學生都苦不堪言。
這幾年，在「粥多僧少」（大學廣設又面臨少子化）的壓力下，加上各方莫名其妙的各種建議，教育部及大學招聯會更頻頻「出招」，包括：大幅增加「申請制」招生名額、「學科能力測驗」的五科得任選四科、要求大學未來必須參採高中學生「學習歷程檔案」、要考「素養導向題」等等。「學科能力測驗」的原本設計精神蕩然無存，高中三年級的教學也受到嚴重的影響。
綜上而言，大學入學考試中心於1992年5月提出的《大學多元入學方案》二十多年來，先受到推崇，繼遭受蹂躪，然後為別案襲名以欺世，歷盡滄桑乃至面目全非。回顧《方案》過往的遭遇，如何能不令人「聞教改而興嘆」？
＊作者為《通識再現》主筆群
