戒嚴時期的政治檔案的徵集近15年，各界仍關心檔案散落與管理的問題。檔案管理局副局長陳海雄22日指出，檔案局今年啟動「政治檔案清查、徵集與整理計畫」，將在1年至1年半的時間內加派人力，整理保存於檔案局的檔案，包括目錄校核、數位化等工作，方便民眾取用，檔案局未來也將建立政治檔案的「人名錄」供各機關比對，將過去遺漏的政治檔案儘速移轉到檔案局。
根據1999年通過的《檔案法》，檔案局是國家檔案的主管機關，而包括二二八事件、美麗島事件等相關涉及國家安全、政治偵防的政治事件檔案都是國家檔案。陳海雄受訪指出，檔案局自2000執行偕同學者到各機關審選二二八檔案的計畫以來，包括後續幾波徵集，已有約165萬頁（總計約451.27公尺）的政治檔案，若以「案」為單位，超過13000案，其中二二八的檔案有約228.137公尺。
檔案局最近一波徵集「228、美麗島及戒嚴時期政治偵防案件」的檔案是去年6月，國史館只找出27案。國史館編審處處長周曉雯當時說，其中原因可能是館方人員不知該用什麼關鍵字清查政治檔案，只用「228」、「美麗島」去查詢，或對政治檔案的認知不同所造成。
外界對檔案局徵集檔案的做法，僅由各機關單方面回報，造成檔案徵集不齊，常有所批評，這個個案也說明問題的確存在。
政治事件「人名錄」 可電腦比對
陳海雄說，檔案局已在建立政治事件的「人名錄」，已有些累積，將再與學者專家討論，等系統建立後，各機關可透過電腦比對，確認例如「鹿窟事件」、「XXX案」或「XXX叛亂案」等他們原本不太容易辨識性質的檔案是不是政治檔案。
已徵集至檔案局的檔案可由檔案局網站的「國家檔案資訊網」查詢，而由各機關保存、尚未達到典藏標準的檔案，則可由檔案局的「機關檔案目錄查詢網」（NEAR）查詢。陳海雄指出，NEAR已有5億多筆檔案，或許也有二二八的檔案，但除非逐頁翻，否則從目錄可能看不出來，在「人名錄」建立後，可透過電腦機制比對，只要比對出來這些檔案仍留在各機關，就會請各機關送到檔案局保存。
陳海雄指出，建立「人名錄」是檔案局今年啟動「政治檔案清查、徵集與整理計畫」的其中一部分，在這個計畫中，檔案局也已經加派人力進行保存於檔案局內的檔案的清查與整理工作，包括校核目錄，以檢視目錄與檔案的內容有無差異，讓民眾更容易利用目錄找檔案，也會加速檔案的數位化。
檔案局籌備時期，在2000年曾召集20-30名歷史學者，與檔案局人員到各機關審選二二八檔案，將這些檔案收到檔案局。在《檔案法》立法後，各機關依法須將檔案編目建檔，陳海雄指出，2000年時檔案局在草創時期，除了親自審選，沒有其他方法，有了這些年的基礎後就可以用比較系統、科學的方式比對檔案。
社會重視檔案 提供珍貴資產
陳海雄指出，檔案局知道社會大眾對政治檔案的重視，與這段歷史相關的檔案都是台灣珍貴的資產，檔案局一直在積極落實，會持續一波波清查檔案。
在檔案局成立前，保存國家檔案的是國史館，由於國史館也是史料機關，國史館目前仍保有許多國家檔案，目錄則都已交檔案局管理。館長吳密察22日指出，在很多國家，與檔案相關的問題都不是優先議題，而在台灣，這絕對不是冷門議題，絕對不是在末段班，因為國民對歷史的釐清有期待，各機關都應趕快做。
