另外，農委會督導財團法人家數也不少，包括中華農學會、蘭陽農業發展基金會、農業機械化研究發展中心等等，據了解，農委會準備將農業機械化研究發展中心，併入農業科技研究院。
內政部下多為警消基金會 董監事名單頻見藍委
內政部部分，主要為警消人員的照顧基金，消防發展基金會是由消防署與聯電集團捐助成立，目前董事長是永豐餘負責人何壽川，該基金目前基金規模9億多元，消防署去年仍編列595萬元捐贈該基金。
義消部分，則有義勇消防人員安全濟助基金會，每年年度支出僅200萬元；至於義警部分，則有台灣省義勇人員安全濟助基金會，有趣的是，由於警消人員動員能力強，相關協會董監事中不乏知名立委，消防發展基金會董事當中就有前立法院長王金平、前立委朱鳳芝與盧嘉辰。
前中鋼通運總經理 出任驗船中心董事長
交通部監督的財團法人，在兩岸推動三通過程，則是政府重要白手套，包括海峽兩岸觀光旅遊協會、海峽兩岸航運協會，另外，政府1951年為了推動船舶驗證，也成立中國驗船中心，董事長趙國樑原本是中鋼子公司「中鋼運通」總經理，為前經濟部長趙耀東之子。
蔣經國基金會遭點名 教育部澄清：董監事皆為無給職
教育部部分，則是以徐國勇點名蔣經國基金會規模最大，目前基金總資產36億元，其中教育部累計捐贈14億餘元；除此之外，國民教育測驗評量中心與吳健雄學術基金會也是教育部督導，前者為教育部與私立學校共同捐助，後者則是中研院與院士張才雄、丁肇中等人捐助。
而據了解，行政院日前點名蔣經國基金會，政府捐助金額遭到基金會稀釋，導致政府對董監事分配席次下降，教育部方面主動澄清，該基金所有董監事都是無給職，執行長朱雲漢僅領取車馬費，「基金會成立迄今，教育部在20席董監席次中，始終都維持1席」。
綠委點名寄生蟲基金會「肥貓」 衛福部：已無掌握內部運作
衛福部督導的寄生蟲防治會，目前1年支出才100多萬，但先前曾被立委段宜康質疑，高齡90多歲的前省政府衛生處長胡惠德和林朝京二人，竟然分別輪流擔任該基金與旗下「中華民國衛生保健基金會」董事長，每月領取13萬元薪水，還有配車、司機。該基金會為1971年由省政府和衛生署等單位捐助35%，國民黨中央財務委員會等7個單位也是共同捐助人。
對於寄生蟲防治會被點名酬庸，衛福部也頗為無奈，官員表示，衛福部目前並未給予該基金會任何補助，由於無法掌握該基金董事會，因此即便寄生蟲防治在國人衛生狀況提升後已不再是主要公衛議題，但衛福部對基金會運作，只能尊重其內部治理。
華欣文化不符合退將業務 政院已要求解散
國防部與退輔會督導財團法人，相較其他部會捐助法人，其人事與財務透明度上又更不透明，其中包括最近被媒體點名的華欣文化事業，董監事除了退役將領外，還有國民黨市議員厲耿桂芳，退輔會方面澄清目前已停止補助，另一個由國防部捐助成立的黎明文化事業，更不在主計總處統計的43個財團法人之列。
主計總處官員表示，1971年成立的華欣文化事業，雖然是退輔會督導財團法人，但先前卻是登記在台北市政府，由台北市政府補助，後來台北市長柯文哲上台後，認為該基金會應由退輔會督導，最近才移給中央，該基金會主要業務為印製業與活動整合行銷，和照顧退伍軍人業務明顯不符，「行政院已要求該基金會解散」。
