行政院準備訂定《財團法人法》，對捐款比率低於5成的財團法人加強監理，但各部會下轄122個財團法人，迄今仍有諸多疊床架屋、功能不彰，靠著政府獨門生意躺著賺的案例，行政院在「追討」捐助財團法人董監席次以前，應該先自己照照鏡子，刮別人鬍子之前，要先把自己鬍子刮乾淨！
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在民進黨政府訂定《財團法人法》草案以前，馬政府時代針對政府捐助之財團法人，就已訂定「行政監督機制作業要點」、「財務監督要點」、「董監事報院遴聘派作業規定」、「績效評估作業原則」及「財團法人財產登記董監事任期及退場注意事項」等規定，對於各部會下轄財團法人，並非毫無政策工具。綠營上台後，又針對43家政府累計出資比率低於5成的部分，要求應按照出資比率，分配董監席次，並且至少保障一席，目前不符合相關規範者，將要求限期改正。
根據國發會公布財團法人監督報告，截至2015年底，行政院所屬20個主管機關所監督120家財團法人，其中農委會26家最多，經濟部20家居次，文化部計12家、教育部計11家、衛福部計10家、內政部與金管會7家、交通部6家。根據現行規定，政府下轄財團法人董事長或經理人月薪最高30萬元，其他專業從業人員最高19萬500元。
在120家財團法人中，2014及2015年度連續短絀，或由賸餘轉為短絀情形者計32家。
農委會下多達26財團法人 功能疊床架屋待檢討
不過，政府下轄財團法人仍不乏成立年代久遠，現階段功能有待檢討或是疊床架屋案例，以農委會為例，農委會26個財團法人當中，有台灣香蕉研究所、蠶業發展基金會、花卉發展協會，先前遭立委質疑存在必要，漁業部分更有台灣漁業及海洋技術顧問社、鰻魚發展基金會、養殖漁業發展基金會、兩岸漁業合作發展基金會，遠洋漁業部分還有中華民國對外漁業合作發展協會、遠洋鮪魚與遠洋魷魚類產銷發展基金會。
另外，在農田水利相關財團法人部分，還有七星農業發展基金會、桃園農田水利研究發展基金會、曹公農業水利研究發展基金會、水利研究發展中心，七星與台中環境綠化基金會。
台網壟斷網域註冊 吳國維：網域均一定價 產業已經死掉了
眾多財團法人中，有不少是政府賦予獨門生意的行政法人，台灣網路資訊中心（台網）、電信技術中心就是其中之一，前國家資訊基本建設產業發展協進會執行長吳國維表示，根據《網際網路位址及網域名稱註冊管理業務監督及輔導辦法》，讓台網長期以來在台灣的網域名稱註冊上，享有獨門生意，台網透過跟經銷商對半拆帳，每年跟網域使用者收取5、600元註冊費。
相較之下，中國互聯網絡信息中心（cnnic）就沒有類似台網透過經銷商壟斷網域註冊價格的問題，吳國維表示，cnnic一個網域賣給經銷商的批發價是5元，經銷商可以賣給註冊者各種價格，完全是自由競爭市場，經銷商如果跟cnnic一次批幾千個網域，cnnic可以用很便宜價格賣它，透過差別訂價，產業多樣性就會呈現出來。
吳國維說，為什麼台灣很多年輕的網路創業家（例如卡提諾論壇），都到國外註冊「.cc」的網址，因為註冊不用錢，台網每年躺著賺8000萬、1億元，這種事情在中國、日本都不會發生，「台灣每個網域賣500、600元均一價，代表這產業已死掉了」。
