但毫無疑問，在統獨立場上，他與李登輝「政見之爭如寇讎」，一九九二年底立法委員全面改選，李登輝要建立行政院向立法院負責的「慣例」，更迭閣揆，他却堅持「以黨領政」必須國民黨中常會通過才辭職，結果在隔年初的國民大會閉幕式上，包括國民黨（本土派）在內的朝野國代高呼「郝柏村下台」，他高聲對嗆「中華民國萬歲，消滅台獨」後，宣布辭職。一年半後，他與前司法院長林洋港以無黨籍身份，搭檔競選正副總統，以一成五得票率落選。
退休後的郝柏村，著書立作，多次重遊大陸，曾回江蘇老家掃墓，多次親遊抗戰舊地，沒有一次接受官方招待，始終如一地對中共的抗日宣傳耿耿於懷；二０一四年，在參訪蘆溝橋紀念館時大聲強調，「對日抗戰是蔣委員長領導這點歷史不容抹滅」，更質問館內嚮導人員「共赴國難宣言在哪裡？」二０一五年接受ＢＢＣ專訪時強調，「中國大陸官方在抗戰宣傳上，把國民黨和共產黨相提並論，同稱為抗戰的『中流砥柱』是不公道的說法」、「八年抗戰是蔣委員長一人領導，沒有第二個人」，對少數退將出席抗戰紀念閱兵，更是不以為然，連投書聯合報，一句「兩岸關係的框架，其實在一九七二年，由美國和中共兩個強權所決定的」，上刊時被改成「由中美兩個強權決定」，他都要去函強調：「本人一生都在保衛中華民國，從未視中共為中國，耿耿此心，敬請明鑒。」
他一生忠誠於中華民國，儘管他堅定守護的中華民國，可能和李登輝或民進黨心目中的中華民國，有若干定義上的差距，就像他的中國絕對不是中共，對兩岸的走向亦顯然不同（他的主張是棄獨不武緩統），但他所作所為無不符合民主體制，包括參選；人在大陸他從不開口批評政敵李登輝，回到台灣在機場碰到嗆聲民眾，他一往無悔：「我郝某人，一生一世就是中國人，我回家去探望桑梓故土，這是我，一個中國人最基本的自由與權利」。
人生已滿百，他的中華民國還在台灣，對他或許不無遺憾，但是，他親歷在台灣的中華民國，民主蓬勃，政見之爭只需拚選舉，不必搏命，雖然常不如他的意，却遠遠超越彼岸，沒有人能說他不愛台灣，對十七歲從軍衛國，大半輩子反共的郝柏村而言，值了！
