從馬英九的答辯來看，其主要認為北檢把新聞媒體所述的馬王不和當作馬的犯案動機，並非事實，因此是以臆測當作證據。不過北檢似乎避重就輕，說法院判黃世銘有罪，以及撤銷王金平黨籍案敗訴，因此馬的悖法行為被法院明確認定。
但事實上，黃世銘洩密並不等於馬英九洩密；黃世銘有罪不等於馬英九有罪，其本質即在於兩者身分之不同；黃世銘是檢察總長，自然有對偵查不公開的保密義務，馬英九則為總統，其保密義務仍是兩造訴訟的攻防點，北檢不能拿黃案被判有罪來如此逕行認定。白話來說，就是馬確實有此行為，但是否違法，並不得拿另一判決來佐證本案有。
至於北檢提到王金平案，更是荒謬，因為該判決的兩造為王金平和國民黨，並非馬英九。而該案國民黨敗訴之理由主要在於其撤銷黨籍不符程序、有沒召開會員大會，所以王金平的黨籍仍然存在。從此來看，北檢用民事判決的程序不合法來佐證馬英九刑事違法，就顯得相當詭異。那如果國民黨在撤銷王金平黨籍案中勝訴，就能說馬英九在刑事上沒有洩密了嗎？這種邏輯還不氣死一堆期待馬英九被判有罪的政治人物。
三、北檢認為，關說的人之所以沒事，在於刑法沒有處罰，馬英九前後擔任總統8年，最大黨主席6年半，在本案案發後，卻沒有對關說司法者立法科刑，所以都是馬英九的錯。
有趣的是，在北檢起訴書第一頁，開宗明義地就說，馬英九之所以觸犯刑法、個資法、通保法，其動機就在於意圖撤銷王金平黨籍，使其喪失立法院院長之職位。從北檢的邏輯來看，如果馬英九在案發後推動妨礙司法罪，會不會在今天就被北檢增列為其犯案動機呢？
即使馬英九當時推動制定妨礙司法罪，基於法理，也無法處罰立法前涉關說案的王金平和柯建銘。所以馬英九當時尋求的是黨內機制，由國民黨考紀會來處理司法關說者，然而就是因為當時考紀會開鍘司法關說者，爾後才成為北檢起訴馬英九的理由。所以說，馬英九沒推成妨礙司法罪來處罰司法關說者，被北檢指責為過歟，而透過黨內機制來處理司法關說者，卻又變成北檢起訴的理由，北檢的邏輯，實在諷刺。
四、北檢認為馬英九具有法學專長和豐富的行政經歷，自然理應對如何合法、適當地嚴守依法行政之分際、職權，知之甚詳，怎麼還會來問檢察官呢？
從起訴書和當天馬英九的聲明可以知道，就是因為北檢認為案發時馬英九的行為不「合法、適當」，逾越憲法分際，所以馬英九此時才會質問北檢到底怎樣做才是北檢眼中的合法適當。即是說，北檢一方面在起訴書說馬英九沒有合法適當地遵守憲法分際、職權，然當馬英九質問到底怎麼做才合法適當，北檢另一方面卻又在新聞稿說馬英九應知如何合法適當遵守憲法分際、職權，為什麼還要來質問我呢？顯得十分詭辯。
