九一一之後帶領FBI轉型成功
整體而言，穆勒的FBI轉型工程相當成功，讓它成為美國國家安全體系的基石，先後在2001年、2009年、2010年擋下可能造成慘重死傷的恐怖攻擊陰謀。2004年3月，穆勒因為一項有重大法律疑慮的監聽計劃，槓上小布希的白宮幕僚長與法律顧問，不惜以去職力爭，最後迫使小布希讓步。當時與他同一陣線的司法部副部長柯密（James Comey），後來接下他在FBI的位子。
正因如此，FBI局長任期10年，但歐巴馬總統在穆勒2011年9月任期屆滿之前，主動要求他延任2年，而參議院也再一次全票通過這項人事案，讓他成為傳奇人物胡佛（J. Edgar Hoover）之後任期最長的FBI局長。
不過穆勒在FBI還是留下一些遺憾，他麾下的幹員曾經違法取得數以千計的電話通話記錄、酷刑凌虐恐怖分子疑犯，引來許多批評。FBI耗資6億美元的電腦系統更新計劃也問題叢生、進度嚴重落後。在他任期尾聲發生的波士馬拉松爆炸案（Boston Marathon bombing）與胡德堡槍擊案（Fort Hood shooting），更是他心中的最痛。
如今穆勒再擔重任，擔子並不比以前輕。川普上任還不滿4個月，具體政績寥寥無幾，「通俄門」與「柯密門」卻頗有從「爭議」發展為「醜聞」的態勢。對於穆勒即將展開的調查工作，民主黨坐看好戲連台，共和黨則期盼儘快水落石出。無論結果如何，這位年過七旬的司法老兵將決定川普的命運。
