同樣生長於前殖民地台灣，李萬居的自我認同卻很清楚。早年的困頓，讓他義無反顧的要棄絕那種與被殖民經驗捆綁在一起的受壓迫感，去追求他理想中的祖國。但在他的「中國認同」中，還包含著一個在人生早期相對幽微，到了晚年益發凸顯的「台灣認同」，亦即在「中國認同」之下，還有一個「台灣認同」。他的台灣認同表現在「解救三百六十萬同胞」的豪語中，也表現在《台灣民聲報》（重慶時期）以及《公論報》的發行與言論內容上。不同於受了完整日式教育的吳濁流，只讀了三年日制公學校的李萬居，在自我認同部分的「感知結構」上，幾乎沒有「日本人」這部分，而是「中國人」加上「台灣人」的雙層構造。在二戰結束前，這兩部分是完全水乳交融、相輔相成的。他為中國抗戰冒險深入敵營蒐集對日情報，建立起與國民政府合作的信任基礎。但等到戰爭末期在重慶待命準備回台灣時，他就已經發現，雖然台籍人士一再提出許多實際有用的建言，但台灣子弟在國民黨政府中，其實是處於相對邊陲的點綴性位置。而由於昧於台灣社會的各類實情，國民政府接收台灣，是在訊息不夠完整、準備不夠充分的狀況下進行的—這點可以從後來的發展得到驗證。
「半山」集團雖然成為國民政府在接收台灣後起用的第一批台籍人士，但其忠誠度還需接受考驗。對國民政府來說，二二八事件不啻是對「半山」效忠度的大考驗，而事件中一度希望持平論事的李萬居，顯然未通過此一「考驗」，自此成為半山中的「黑羊」。這個轉折雖未斷送李萬居的中國認同，但認同中國，不等於認同國民黨，他開始對國民黨政府改採諍友立場，希望國民黨能夠改進。但國民政府的威權統治不是一、兩個執意諍諫的民意代表可以撼動的。他與國民政府的緊張一直持續到一九五○年代末期，因本土黨外政團與中國大陸來台的雷震等決定合作組黨而達到最高峰，也是他「台灣認同」的高峰。
李萬居的「台灣認同」也表現在他省議會的質詢內容中，他是雲林選出的省議員，關心農村貧苦，揭穿官方宣傳的粉飾太平，與高官「何不食肉靡」、不識民間疾苦的顢頇。他也為地方排水工程爭取經費，為二二八繫獄者要求從寬量刑。在政治高壓年代，李萬居一手辦報、一手問政，以行動落實他對家鄉人民的關心，落實他的台灣認同。
與李萬居一起合作組黨，並為此繫獄十年，隨國民政府來台後創辦《自由中國》的雷震，在認同樣態上也有類似李萬居的曲折。他當然認同自己是中國人，他對台灣這塊土地並沒有先天的感情羈絆，但卻基於一種務實的態度，主張建立「中華台灣民主國」。這是因為他將政治認同與文化認同做了一個務實的切割，亦即在文化上認同台灣屬於中華文化，但在政治上，他卻充分認識到，依照民主原則，國民政府必須切實開放省籍人士的參政權、開放組新政黨、開放言論自由，才能確保政權的合法性。這也是雷震與曾虛白最大的不同。
