信長雖在天正10年（西元1582年）6月初遇害，但日本統一的進程並未耽誤太久。由於信長與信忠都死在京都，在6月27日討論織田家主的清州會議上，討死光秀的秀吉成功推舉信忠長子、信長嫡孫，年僅兩歲的三法師（織田秀信）為織田家繼承人。秀吉在織田家的內鬥中展現了舉世無雙的政治判斷與軍事才能，接連擺平柴田勝家、瀧川一益、織田信孝等人，成為織田信長真正的接班人。秀吉後來受到天皇賜姓豐臣並就任關白，並在本能寺之變的8年後（西元1590年），迫使北條氏在小田原開城投降，日本全境終歸統一。
雖然死後不見屍首，但織田信長死於部屬明智光秀的叛變，這一點幾乎沒有異議。但眼看織田家就要一統天下，光秀為何要鋌而走險？以「下剋上」為主調的日本戰國，智將光秀的大膽叛變卻又顯得如此無謀，以至僅能擁有「三日天下」，這也讓「本能寺之變」順理成為日本歷史上的最大謎團。
日本學界與民間對於「誰才是殺害信長的主謀」就有超過50種說法，包括豐臣秀吉（從掌握信長已死情報、與對手談和、中國大返還、擊敗強敵光秀，秀吉竟在10天內一氣呵成，當然令人起疑）、德川家康（擔憂武田滅亡後，自己失去利用價值）、正親町天皇（因為信長無視傳統權威）、各宗派佛教徒（信長素稱「佛敵」）都是嫌疑人。就算明智光秀無人策動、自己就是「主犯」，他為何選擇謀反也有「怨恨」、「不安」、「野望說」、「討伐暴君」、「守護朝廷」等十多種假說。
值得一提的是，「信長行徑招惹光秀怨恨，才會惹來報復」的說法如今已深植人心，但這些細節幾乎都出自成書於元祿年間（西元1688年～1702年）的《明智軍記》。像是信長發現負責接待家康的光秀處置失當，命森蘭丸等侍童拿扇子當眾敲打光秀的頭；又或者信長命令光秀增兵前線時，指示光秀要聽從秀吉指揮；甚至是信長表明光秀得勝之後，可以取得出雲與石見等毛利領地，但同時要取回光秀原有的丹波與近江，種種事跡都讓人感受到光秀的怨恨與憤怒。不過《明智軍記》成書時距離「本能寺之變」已有百年之久（德川幕府時代中期），而且日本歷史學界一般認為該書錯謬甚多，沒有什麼作為史料的價值。
「本能寺之變」的真相究竟為何？在有力的新史料被發現之前，歷史家、小說家與劇作家所提出的各種精彩假說與推理，恐怕永遠難有定論。不過歷史謎團雖然難解，信長與光秀的後裔卻在今年3月「握手大和解」。織田信長的第17代後人、花式滑冰選手織田信成，以及明智光秀後代、美籍男演員克里斯佩普勒（Christopher Daniel Peppler），近年竟在東京「相見歡」，由於是茶飲活動的宣傳活動，兩人互動已全然不見先祖們在435年前的肅殺與仇恨。
