我國航海人員考試（早期稱為河海航行人員考試）始自政府遷台後1950年首次舉辦，試務工作並委託基隆、高雄兩港務局輪流就地主辦；1961年起由考選部收回試務自辦，並在台北舉行考試。因聯合國國際海事組織在1978年公布航海人員訓練、發證及當值標準國際公約及其附錄規定（簡稱國際STCW公約），我國必須配合辦理，因此2004年本考試簡併為2等級4類科，分別為一等船副、一等管輪（相當於專技人員高等考試）及二等船副、二等管輪（相當於專技人員普通考試）；至於其他等級人員之晉升，則無需考試僅採訓練方式即可，由交通部另訂船員訓練檢覈及申請核發證書辦法加以規範。
同年本考試改採網路報名及電腦化線上測驗方式辦理，即測即評且亂題亂序以提升其效率。但因為專門職業及技術人員考試法之限制，應考資格須專科（或高中高職）以上學校相當院、系、所、科、組、學位學程畢業者方得應考；復因及格方式採科別及格制，一次通過全部科目比例者不到一成，使海事院校學生投入海上工作意願大幅降低。經業界及海事教育界建議，將航海人員一、二等船副及管輪考試，改由交通部統一辦理為宜。
航海人員考試現已移撥交通部辦理
該案由考選部邀集教育部、交通部、台灣海洋大學、輪船商業同業公會、海員總工會等機關團體會商，均同意由交通部接手續辦。並確認應考人在學期間領有國際公約STCW課程學分證明即可報考，但考試及格後向航政機關申領船員適任證書時仍須檢具學校正式畢業證書乃可。2011年4月在得到交通部同意接辦航海人員考試前提下，考選部以「航海人員執業資格取得及發證事宜，擬依國際公約STCW之規定，全部改由職業主管機關交通部統一辦理案」，報請考試院政策決定，經考試院召開三次審查會，考試委員之間原意見紛歧無法建立多數共識，最後勉強作成決議：同意航海人員執業資格取得及發證事宜，全部由交通部辦理。但是為了回應護憲派考試委員之意見，也另外做成兩項附帶決議：一、三年過渡期滿後，請考選部適時修正專技人員考試法施行細則等相關法規。二、有關專技人員考試種類認定基準、認定程序、諮詢委員會組成等事項另訂辦法規範乙節，請考選部積極進行，未來擬增設新的專技人員考試種類，應依該辦法審議。
解讀前述決議文與兩項附帶決議，可以用以下八個字加以涵括，就是「揮別過去、展望未來」。揮別過去的原因非常清楚，就是產官學各界（除考試院以外之機關團體）高度認同航海人員考試由交通部辦理比考選部辦理，更能符合國際公約精神且可提升航運界競爭力，所以揮別過去不再戀棧。也因此科別及格制三年補考過渡期限屆滿，責成考選部修改專技人員考試法施行細則第2條，刪除航海人員考試之種類，並將航海人員考試規則報考試院發布廢止。至於展望未來，則是期許對新增專技人員考試種類之認定，能夠揚棄過去政治力介入之不當運作模式（如由代客記帳同業公會遊說立法委員修正商業會計法，對商業會計記帳人執業資格之取得，不需經過考試，而由中央主管機關逕予認可賦予資格。或由立法委員主導整合業界學界意見，主動提出驗光人員法草案，其後在沒有行政院版對應草案下，完成驗光人員法之立法程序。）改由專業之諮詢委員會初步審議認定，再將審議結果報請考試院確認，如為專技人員考試種類，則職業主管機關應開始啟動新增職業管理法草案研訂事宜；反之如非屬專技人員考試範圍，自無制定職業管理法之必要。前述構想並在2013年1月23日總統公布之專技人員考試法修正案第2條條文中「（第一項）本法所稱專門職業及技術人員，係指具備經由現代教育或訓練之培養過程獲得特殊學識或技能，且其所從事之業務，與公共利益或人民之生命、身心健康、財產等權利有密切關係，並依法律應經考試及格領有證書之人員；其考試種類，由考選部報請考試院定之。（第二項）前項專門職業及技術人員考試種類之認定基準、認定程序、認定成員組成等有關事項之辦法，由考選部報請考試院定之。」予以落實。
