將醫師納入《勞基法》是總統蔡英文的政見，衛福部原訂於2019年正式實施，但8月時和勞動部協商工時規範未達共識，可能先修改《醫療法》以保障醫師權益，但納入《勞基法》可能生變。對此，醫改會董事劉梅君撰文表示，將醫師排除在《勞基法》之外，是罔顧醫生和病人權益，放任醫院背棄以人為本卻追逐利潤的醫療服務模式，讓醫院成為賺錢卻無視公共利益的場所。
劉梅君表示，衛福部用「修訂《醫療法》來取代直接公告醫師適用《勞基法》」的說詞，根本是老調重彈，毫無說服力。醫師納入《勞基法》的呼聲早在1989年就出現，但過去20年以來，政府機關都以「醫療機構不得拒絕緊急病人」、「醫護人員需對病患負完全責任」及「醫療機構護理人力調配困難」等理由拒絕，直到2005年醫師公會的醫事法規委員會通過了「推動醫師納入《勞基法》適用對象」的決議，但被醫院經營者以「增加醫院經營成本並造成醫師人力短缺」為由阻擋。衛福部直到2013年才頒布〈住院醫師勞動權益保障參考指引〉，作為參考指引卻不具法律效力，規範內容僅有4年一次的醫院評鑑手段，完全無法保障醫師權益。
劉梅君更指出，長期反對將醫師納入《勞基法》的原因，不外乎訴諸醫療保健業的特殊性及醫師對病人的責任，但卻選擇無視醫事人員超長工時所面臨的過勞風險，以及其對病患及醫療品質的潛在危害。事實上，醫師與病患的權益並非必然互斥衝突，但卻一再地被誤導，例如「萬一刀開到一半，醫師下班了，怎麼辦？」然而只要醫師人力充足且交班確實，這個問題就不是問題。說穿了，這些誤導之詞都是為了要掩飾醫療院所人力嚴重不足的真相，以及醫療院所背棄以人為本的醫療照護價值、汲汲於追逐營利的不正心態。而醫院內部的人力不足，是因為長期扭曲的醫療照護結構體制的結果，除此之外，醫院以賺錢為目標的心態，必然以犧牲醫事人員的權益及病患的福祉為代價，這種經營心態與作為，已嚴重危害醫師人員及病患的安危。
她表示，長期以來監督單位放任大型財團法人醫院每年動輒從健保拿走千億的給付，卻未做到該承擔起的社會責任，呼籲主管機關不要逃避，要正視醫療現場的血汗勞度制度。如果不加以改善血汗環境，只會造成台灣醫療環境惡化，病人醫師權益皆輸，放任醫院追逐利潤。為了確保台灣醫療的未來，應該將醫師納入《勞基法》，保障醫師勞動環境。
醫師納入《勞基法》的爭議在於，《勞基法》規定，一般勞工正常工時每日不得超過8小時，每周不得超過40小時，加班1日不能超過12小時，和現行醫師的工作時間有相當的落差，現行醫生工作時數普遍高於規定，如果納入《勞基法》，醫院將會需要調整大量人力和工作時數。
