軍方官員說，總統在6月針對軍人年改重新任務分工後，國防部曾在8月和10月兩度行文去函退輔會，希望能提供關於退伍軍人的年改建議方案，但至今都未正式收到退輔會回覆的函文，軍方說，可能李翔宙認為6月以前曾2次向年改會和國防部提出的建議方案，就是國防部在等的退伍軍人年改方案，才會有日前這項說法，這可能是兩部會在認知上有落差。
對於國防部和退輔會的溝通是否出現問題，軍方官員不諱言，雙方高層雖有電話聯繫，但部會間至今並未針對年改方案開會共商過，從7月後兩部會間也沒再針對年改政策個別溝通過，主要是因兩部會都有代表出席年改會，因此有意見的話，在年改會已可進行討論和了解，國防部只是不解李翔宙主委所言退伍軍人年改的建議方案送到國防部哪裡？因為真的沒收到。
國防部傾向現、退役兩套版本分次修法
除此之外，國防部和退輔會關於軍人年改應採現、退役一套版本，或分兩套版本也有不同看法。退輔會主委李翔宙認為，今天的現役就是明天的退役，現、退不可分割，因此不可能用兩套版本規劃，主張應該以一套版本現、退役一體適用。
不過國防部高層則仍認為，過去退撫制度也先後出現「純舊制」、「新舊制」和「純新制」，以目前軍人年改仍有這麼多不同意見，社會也仍存在爭議，目前很難以一套軍人年改版本解決所有問題。
軍方一度在多位民進黨立委支持下，希望讓現役軍人將採行的「新新制」先單獨通過，退伍軍人部份再謀求共識慢慢處理，如果這會期必須完成修法過關，也還是建議採現、退役兩套不同版本。
另涉及軍人年金改革關鍵的「陸海空軍軍士官服役條例」修法，國防部也研究過內容仍有很大論述空間，因此可以針對現役軍人的「新新制」和退伍軍人的年改方案分2次修法，不見得要一次到位，國防部到目前為止仍積極向高層爭取退伍軍人年改部分能分階段處理。
