海軍獵雷艦案疑雲重重，其中最遭外界質疑的便是銀行團同意慶富公司205億聯貸案的過程，主導聯貸案的第一銀行曾指軍方以機密為由，拒絕提供慶富公司資料，但據國防部內部調查，銀行團在2016年2月通過聯貸前，只有一名層級不高的女性行員打了通電話給海軍一名校級組長，確認慶富公司是否拿到獵雷艦標案，根本沒要過資料，連一封查詢慶富公司狀況的公文都沒有。
資本額放寬至標案金額200分之1 參謀質疑卻遭調離
另關於海軍在獵雷艦案招標過程中的問題，軍方內部指出，當初海軍計畫處在設計標案過程，原本在規格上是採標準嚴苛的軍規，但後來卻被放寬為商規，資本額原設定是標案金額的10分之1，後又被放寬到200分之1，海軍內部當時有作業參謀提出質疑，但卻遭到指責甚至調離，這部分軍方內部也正進行調查。
「一銀只打一通電話 軍方沒想到這樣也算徵信」
軍方知情人士說，獵雷艦案從招標到聯貸過程確實都有很大問題，前端招標過程當時海軍和國防部當然有責任，但後端在同意慶富聯貸案過程，一銀卻把所有責任都推給軍方，並指軍方以機密為由，拒絕提供銀行團慶富的相關資料，但經調閱當時相關資料，根本查無一銀給軍方的相關函文，問到最後才有一名校級軍官想起，當時僅有一位一銀的女性行員象徵性地打了通電話，只問慶富是否在獵雷艦案得標，其他沒多問，軍方當時也沒想到，這樣一通電話也能算徵信。
軍方人士指出，銀行團通過聯貸案前，到底有無向軍方聯繫了解慶富公司的狀況，前一銀董事長蔡慶年自己先前被立委問到相關問題時，已曾在立院2次公開說「沒有」，有會議記錄可查，這部分也不用再推託責任。
海軍內部質疑放寬規格 上級要求「不要再碰獵雷艦案」
知情人士說，海軍當時規劃獵雷艦案，在幕僚作業階段，為了打造性能符合作戰需求的國造艦艇，原本是有用心設計3道防線，第1道防線是訂定軍規，第2道防線是投標廠商資本額須達標案金額的10分之1以上，最後第3道防線是履約保證金訂為6期，以確保得標廠商的財力能夠支撐，並順利完成6艘獵雷艦的打造。
但沒想到，這3道防線的前兩道，在招標過程中竟陸續遭到瓦解，理由都是標準太過嚴苛，沒有國內廠商能夠投標或是執行，結果最後不僅資本額設限遭放寬到200分之1，連作戰艦艇應有的軍規都被改為商規，當時海軍內部就有聲音質疑，「獵雷艦案特別採最有利標的目的，不就是為了提升造艦品質，結果最後卻放寬降低規格，為何還要採最有利標的？」
軍中人士透露，當時海軍內部對於獵雷艦的標案設計就有參謀提出意見，但卻遭上級指責，並要求不要再碰獵雷艦案，所有獵雷艦的標案規劃，一切照國防部和海軍高層的指示辦理。
獵雷艦案3道防線前2道遭慶富突破 軍方守住第3道防線可扣90億
軍方知情人士說，獵雷艦案3道防線中的前2道最後都被慶富突破，現在只剩最後一道防線，就是當初訂定6期履約保證金的設計，簡單來說就是押金的概念，也就是慶富公司每一期要請領工程款前，就要存入銀行相對的履約保證金，到第4期完工驗收後，才能領回第一期的履約保證金。
現獵雷艦案因慶富公司出狀況導致全案生變，還好當初有這項設計，才能保住軍方預算沒有遭到慶富吃掉，因前3期慶富已壓在銀行72.6億的履約保證金，加上一開始作為擔保的17.5億聯貸保證金，讓軍方得以扣住這90億，只要慶富違約，軍方不僅可拿回前3期工程款的72億，還多賺17.5億，軍方並沒有損失，但聯貸的公股銀行確實會因此損失100多億，對此軍方在招標過程中不會推卸責任，相關違失都正進行調查，但銀行團方面也不該把責任都推到軍方身上。
