然而「六日戰爭」讓以色列佔領了約旦河西岸（West Bank），包括原本由約旦掌控的東耶路撒冷，此後整個耶路撒冷都落入以色列手中。1980年，以色列宣布耶路撒冷是其「永久和不可分割」的首都。另一方面，追求獨立建國的巴勒斯坦一直要求以東耶路撒冷為首都，因此以色列「定都耶路撒冷」並不被國際社會接受，各國都將駐以色列大使館設在特拉維夫（Tel Aviv），而非耶路撒冷。
爭議核心中的核心：阿克薩清真寺
耶路撒冷是以巴衝突的核心，而位於耶路撒冷舊城區的阿克薩清真寺（Al-Aqsa，遠寺）更是核心中的核心。耶路撒冷是伊斯蘭教中僅次於麥加（Mecca）與麥地那（Medina）的第三聖地。在先知穆罕默德宣教之初，穆斯林早期禮拜朝向方向為耶路撒冷。穆斯林也相信先知穆罕默德搭乘神獸（Buraq），從麥加飛到耶路撒冷的阿克薩清真寺區域，升天見到造物主，接受每日5次禮拜的命令。
阿克薩清真寺位於以色列控制的耶路撒冷舊城區聖殿山（Temple Mount），由約旦組織的伊斯蘭教信託單位「伊斯蘭宗教財產委員會（WAQF）」所管理，山下的維安則是由以色列控制。
過去半世紀，阿克薩清真寺時常成為以巴衝突的導火線。如2000年9月當時以色列反對黨領導人夏隆（Ariel Sharon）在軍警陪同下，刻意造訪阿克薩清真寺，隨後引爆長達4年之久的第二次巴勒斯坦人大起義（The Second Intifada）。今年7月，以色列在阿克薩清真寺外加裝金屬探測器安檢門及監視攝影機，也引發巴勒斯坦人抗議。
美國承認耶路撒冷為以國首都 巴勒斯坦：兩國方案的死亡之吻
對於川普可能宣布耶路撒冷為以國首都的消息，巴勒斯坦自治政府駐美國代表（大使）佐洛特（Husam Zomlot）稱「將導致災難性後果」，成為兩國方案（Two-state solution）的「死亡之吻」。
— Husam Zomlot (@hzomlot) 2017年12月6日
兩國方案是國際社會對解決以巴衝突，最有共識的方案之一，這個方案主張為居住於巴勒斯坦土地的兩個民族（猶太人和阿拉伯人）各自建立兩個不同國家（two states for two groups of people）。這個方案希望在約旦河西岸與加薩走廊（Gaza Strip）建立一個巴勒斯坦國，與以色列並存。自1990年代兩國方案便成為美國政府推動以巴和談的國策。
佐洛特表示，耶路撒冷是「兩國方案」非常核心的部分，萬一兩國方案遭致命一擊，巴勒斯坦將採取「具戰略性和政治性」的回應，「我們不會參與空洞的政治進程。」
