國內爆發本土疫情，至今已造成台灣上萬人確診、200餘人罹難，相關經濟損失更難以估計，其中4月中旬機組員檢疫措施放寬為「3+11」，亦即居家檢疫3天採檢陰性，再自主健康管理9天，被外界認為是這波疫情的最大破口。對此，前副總統陳建仁接受媒體訪問時，坦言指揮中心放寬機組員檢疫措施時，應以科學證據佐證、並搭配強制接種疫苗，否則確實「很容易產生破口」。
根據《鏡週刊》報導，陳建仁認為這波疫情可稱為Alpha變種毒株流行（英國變種毒株），病毒株感染能力強，且有許多無症狀、輕症感染者，一旦通過邊境檢疫進入台灣、造成社區感染，要很難完全清除，尤其無症狀、輕症感染者可能不斷傳遞病毒，除非把感染者全部篩檢出來，否則病毒已與我們同生共存。
對於外界質疑，指揮中心將機組員檢疫由「5＋9」放寬為「3＋11」，釀成這波疫情的破口，陳建仁也認同、直指檢疫措施放寬「確實需要檢討」。他直言，縮短機組員等「高感染風險族群」返國居家檢疫天數，應以科學證據佐證，並搭配強制接種疫苗等措施，否則在無相關配套下「很容易產生破口」。
「3＋11」先釀防疫破口 茶藝館群聚又成疫情爆發點
除了「3＋11」釀成疫情破口，陳建仁也指出，萬華茶藝館群聚感染是短期內本土疫情大爆發的主因，顧客和服務員一待就是1、2個小時，又構成密切接觸，且這些人警覺性不高，染疫後若是輕症，很容易把病毒傳到他處，加上茶藝館型態特殊，服務員流動性高，日本、泰國也有類似的成人場所群聚感染案例。
至於指揮中心先前因「校正回歸」惹議，陳建仁說明，這在SARS期間也曾發生過，因為確診患者從感染、發病、篩檢到研判都有一定程序要走，需要一定時間，若當中發生延遲就可能發生校正回歸的狀況。
不過，陳建仁認為，指揮中心一開始就應說明，現在報告出來的確診數只是已篩檢的一定比例，未來還會有後補資料更新，民眾就不會有那麼多質疑聲浪，但他強調「校正回歸並非台灣獨特發明，把它污名化成掩蓋數字並不科學。」
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