妊娠補償假說
根據《衛報》報導，年輕婦女與中年女性更容易出現長期新冠症狀的其中一個可能原因是「妊娠補償假說」（pregnancy compensation hypothesis），指的是育齡婦女對病原體有更大的反應性免疫反應，因為她們的免疫系統已經發展到支持懷孕期間更高的保護需求。
這種強大的免疫反應被認為是女性在新冠肺炎急性感染期死亡機率小的其中一個原因，然而，新冠病毒碎片會留在身體裡好幾個月，從大腦組織到腎臟組織都能找到新冠病毒碎片。
由於女性對病毒的存在反應非常強烈，因此一些科學家認為，這些儲存在身體內的病毒碎片更有可能引發全身慢性炎症，導致長期新冠症狀的患者出現疼痛、疲倦、腦筋混沌的症狀。
美國加州萊姆病研究員史崔克（Raphael Stricker）說：「越來越多證據顯示，比起男性，女性對這種持續低度感染的反應更大，所以她們更可能患有慢性炎症。」
自體免疫疾病
許多研究長期新冠症狀的科學家認為，某些案例中，新冠病毒可能引發了自體免疫疾病，導致免疫系統產生會攻擊人體自身器官的「自體抗體」。去年 12 月以來，美國耶魯大學教授岩崎明子等人已發表的研究指出，研究人員在新冠病患體內發現逾100種自體抗體的水平升高。
出於多種原因，女性更容易出現自體免疫問題，岩崎明子教授認為，這很可能是長期新冠症狀性別差異的主要因素，她也認為如果這些自體抗體在長期新冠症狀患者的血液裡保留數個月，這可以解釋長期新冠症狀患者的許多常見症狀，包括認知功能障礙與自主神經障礙。
美國紐約大學長島醫學院（NYU Long Island School of Medicine）助理教授努斯鮑姆（Julie Nusbaum）說：「病毒感染會促使免疫系統做出反應。對於許多女性來說，尤其是她們受到基因影響的話，這種免疫反應可能非常強，導致進入這種失調的免疫系統，即使病毒被清除後，免疫系統也不會關閉。」如果長期新冠症狀女性患者的自體抗體水平持續特別高，那麼其中一個療法可能是用免疫抑制藥物治療，例如類固醇。
許多人希望，針對長期新冠症狀性別差異的研究能提供更多見解，協助治療好發於女性的其他疾病，例如肌痛性腦脊髓炎或某些自體免疫疾病。
