農委會：改制為政府機關後，預算審查強度與財務透明度會提高
針對瑠水利會登報反對改制，農委會官員強調，本次《農田水利會組織通則》修正草案，僅處理瑠公、七星以外15個農田水利會會長，任期延任2年4個月，至2020年，至於水利會後續的組織調整，是等到本次組織通則修正後，再由立法院討論《農田水利法》與《農業部組織條例》關於水利會組織改制規定。
官員表示，全國農田水利會全國聯合會，在2015年通過決議，呼籲政府推動立法，停止水利會理事長改選，讓水利會可以專心於農田灌溉會務，因此本次修法係回應水利會全國聯合會的主張。
況且，目前農田水利會預算，雖然由農委會審查，但未來改制為政府機關後，改由立法院審查，預算審查強度與財務透明度會提高，水利會改制為政府機關，也有助於農田灌溉的政務推動。
農委會：水利會資產不會有政府強占的問題
官員強調，水利會改制為政府機關後，各水利會目前下轄財團法人名下財產，仍然歸屬於財團法人，水利會資產不會有政府強占的問題。
目前全台水利會員工有2000多人，具公務人員任用資格者僅90幾人，未來改制為公務機關後，人員到底該如何調整，將是一大難題，官員表示，未來水利會定位，農委會方面目前仍在研議當中，目前有3個可能選項，第一種是維持目前運作，水利會仍繼續存在，第二種是農委會成立農田水利署，吸納部分具公務人員資格之水利會員工，其餘員工則留在水利分署，第三種則是所有水利會員工，全部納入公務體系。
