1999年5月，馬來西亞派兵佔據榆亞暗沙（Investigator Shoal）及簸箕礁（Erica Reef）；9月，菲律賓指控越南在其所佔據之六門礁（Alison Reef）及南華礁（Cornwallis South Reef）進行修築工程，以及台灣在太平島上加強軍事設施；10月，菲律賓再度抗議越南在其所佔據的無乜礁（Pigeon Reef）上擴建兩層建築物及駐守軍隊，並向飛近的菲律賓偵察機開砲射擊；10月，媒體報導兩架菲律賓軍機與兩架馬來西亞鷹式戰鬥機在榆林暗沙上空發生對峙情況。
1999年，菲律賓把黃岩島（Scarborough Shoal）納入其版圖，並故意將老舊的「馬德雷山脈」登陸艦（Sierra Madre）在仁愛礁（Second Thomas Shoal）附近鑿沉，企圖控制此爭議島礁之領土主權。越南則藉機在南沙群島的金盾暗沙（Kingston Shoal）和奧南暗沙（Orleana Shoal）上修築高腳屋設施。2000年1月，菲律賓軍方指稱發現中國大陸軍機飛越黃岩島上空。菲律賓國防部長梅爾卡（Orlando Mercado）針對六艘中國籍漁船進入黃岩島附近海域作業，向中國大陸提出外交抗議，並派海軍追逐攔截該等中國籍漁船。2月，中國大陸指控菲律賓強登該等中國籍漁船的做法侵犯其主權。5月，菲國海軍海上防衛隊在靠近巴拉望（Palawan）海域執行巡邏任務期間，開砲打死一名中國籍漁船之船長，並扣捕其他船員。中國大陸要求菲律賓釋放船員，以及賠償受難家屬，但菲國悍然拒絕中國大陸之要求。
1990年代末期，因南海地區緊張局勢升溫，中國大陸與東協國家開始磋商研議通過一個區域性的《南海各方行為準則》（A Regional Code of Conduct for the South China Sea）。中國大陸的東協政策也因1997年與1998年亞洲金融海嘯的發生出現戰略性的改變，此促使中國大陸朝向與東協會員國建立21世紀戰略合作夥伴關係的方向前進。
1999年6月，中國大陸與馬來西亞慶祝建交25周年時簽訂友好協定，同意加強軍事合作關係，以及採取和平方式解決南海島嶼主權爭議。1999年2月，中國大陸與越南領導人確定了「長期穩定、面向未來、睦鄰友好、全面合作」的21世紀發展中越關係的16字方針。同年12月，兩國簽署《中華人民共和國和越南社會主義共和國陸地邊界條約》。2000年11月，中越簽訂《南海空中航線與空域管理協定》。2000年12月，越南國家主席陳德良前往北京與中國國家主席江澤民舉行正式會談，雙方簽署了《中華人民共和國和越南社會主義共和國關於新世紀全面合作的聯合聲明》、《中華人民共和國和越南社會主義
共和國關於在北部灣領海、專屬經濟區和大陸礁層的劃界協定》（Agreement of the Delimitation of the Territorial Sea, Exclusive Economic Zones and Continental Shelves in the Beibu Gulf），以及《中華人民共和國和越南社會主義共和國政府北部灣漁業合作協定》（Agreement on Fishery Cooperation in the Beibu Gulf）。
