因為涉及國家利益及戰略安全，南海聲索國對使用南海島礁與水域各種證據的蒐集可謂不遺餘力，但一些歷史證據可以證明，南海對周邊人民而言是某種共同利益（common goods）的性質。在歷史上大部分沒有主權聲索爭議的日子中，中國海南島的漁民與菲律賓和越南的漁民皆共同利用遠離陸地的南海島礁，他們可以超越語言隔閡進行溝通，儘管也有人與人之間的摩擦。無論如何，進入2010年代的南海爭端，出現前所未有的發展，本章暫不回溯至久遠的歷史，主要探討第二次世界大戰之後的南海爭端發展。
爭端第一階段：1960年代末至1980年代後期
南海島礁主權與海域管轄權爭端的發展，大致經歷了數個階段。從 1960年代末期到1980年代後期可視為是第一階段；在此階段，東南亞相關國家受到聯合國亞洲暨遠東經濟委員會（United Nations Economic Commission for Asia and the Far East, ECAFE）、亞洲近海海域礦產資源聯合勘探協調委員會（Committee for Coordination of Joint Prospecting for Mineral Resources in Asian Offshore Areas, CCOP）等國際機構提出南海可能蘊藏大量油氣資源的勘察報告、第一次國際石油危機爆發，以及聯合國召開第三次海洋法會議（Third United Nations Conference on the Law of the Sea, UNCLOS III）討論建立新的海洋法律秩序等重要因素的影響，觸發各國佔領南海南沙群島的島礁，開啟持續迄今的佔領格局。
此段時期，實際佔有南沙島礁的地區包括台灣、中國大陸、越南、菲律賓以及馬來西亞。若以數目而言，其中佔領最多島礁的國家是越南，其次是菲律賓。中國大陸也於1974年以武力控制由越南掌控的南海西沙群島，取得西沙的控制權，並在1988年與越南在南沙群島赤瓜礁（Johnson South Reef）海域發生武裝衝突，開始佔領部分南沙島礁，將勢力由南海西沙群島延伸至南海南半部的南沙群島。在台灣的中華民國自1956年重新返回南沙太平島（Itu Aba，亦作 Taiping Island）並持續維護其控管權。
爭端第二階段：1988年至2002年後半期
1988年中越赤瓜礁海戰發生後，至2002年中國大陸與東南亞國家協會（Association of Southeast Asian Nations, ASEAN；以下簡稱東協、中國大陸稱東盟）簽署《南海各方行為宣言》（Declaration on the Conduct of Parties in the South China Sea, DOC），為南海島嶼主權與海域管轄權爭端發展過程中的第二階段。此期間，南海緊張局勢大為升溫，主要原因為中國大陸於 1992年制定通過《中華人民共和國領海及毗連區法》，以國內立法方式宣示南海島嶼主權。1994年及1995年中越兩國為開發南沙群島萬安灘（Vanguard Bank）附近海域油氣資源引發衝突。1995年中國大陸與菲律賓因北京在南沙群島美濟礁（Mischief Reef）的建築工程發生嚴重磨擦，導致美國國務院於1995年發佈一份「南海政策聲明」，要求各爭端國克制，以和平方式解決爭議。1996及1997年中國大陸與馬來西亞分別批准簽署1982年《聯合國海洋法公約》（United Nations Convention on the Law of the Sea, UNCLOS），制定專屬經濟海域與大陸礁層相關的國內立法；1998年，中國大陸與菲律賓就有關美濟礁建築工程的矛盾持續。
