2005年3月，中、菲、越三國的國家石油公司在馬尼拉簽署了《在南中國海協議區三方聯合海洋地震工作協議》（A Tripartite Agreement for Joint Marine Seismic Undertaking (JMSU) in the Agreement Areas in the South China Sea by and among China National Offshore Oil Corporation, Vietnam Oil and Gas Corporation, and Philippine National Oil Company），由三國的國家石油公司在南海南沙群島可能無重疊海域（約 142,886 平方公里）進行為期三年的調查工作，所須1500萬美元由三方平均分攤。中、菲、越表達了聯合考察南海協定區內石油資源儲量的意願，宣稱不損害各國政府在南海問題上的基本立場。事實上，早於2004年9月1日，中菲石油公司已簽署類似的《中國海洋石油總公司與菲律賓國家石油公司在南中國海部分海域聯合海洋地震工作協議》（An Agreement for Joint Marine Seismic Undertaking (JMSU) in Certain Areas in the South China Sea by and between China National Offshore Oil Corporation and Philippine National Oil Company）。此聯合勘探南海石油的做法是繼簽署《南海各方行為宣言》之後，中國大陸與有關國家為解決南海爭議邁出的關鍵一步，也為解決海上爭議樹立了新的模式。然而，台灣完全被排除在外，不僅無法參與其中，甚至連勘探的地點也無從得知。
2006年至2008年期間，中國大陸與東協研商有關《南海各方行為宣言》施行細則及擬訂《南海各方行為準則》的工作也沒有邀請台灣或將會議討論情況知會台灣。因應南海新局勢之發展，反制被排除在南海安全對話過程，台灣在南海政策上開始有部分的轉變。2005年底，台灣國防部副部長霍守業證實，政府決定在太平島興建飛機跑道。2006年1月初，台灣外交部針對越南之抗議，重申興建太平島跑道並無政治或軍事意圖；但因台灣內部生態學界與環保團體的強力反彈抗議，立法院作出飛機跑道興建經費不得動支的決議，使太平島興建飛機跑道工程被迫停止。但到了2007年8月，台灣政府宣佈動用2007年度預備金，趕在該年底前完成太平島跑道興建工程。9月，太平島跑道工程復工。11月上旬，台灣國防部長李天羽視察即將完成的跑道工程，並表示：
