新保守主義鷹派環伺的孤鳥
然而這樣的特質卻讓鮑爾成了小布希政府的孤鳥。當時冷戰已經落幕，蘇聯共產主義帝國已經解體，美國以超級強權之姿睥睨這個單極（unipolar）的世界，新保守主義鷹派分子如副總統錢尼（Dick Cheney，波灣戰爭時期的國防部長）、國防部長倫斯斐（Donald Rumsfeld，錢尼的老長官）磨刀霍霍，小布希在他們的股掌之中。
結果美國反而先成為遭到攻擊的一方。2001年九一一事件爆發，堪稱「21世紀的珍珠港事變（Pearl Harbor Attack）」，鮑爾以國務卿身分率先鎖定「基地」（Al-Qaeda）組織勾結阿富汗神學士（Taliban）政府共謀犯案，並親赴阿富汗鄰國巴基斯坦，為美國的「反恐戰爭聯盟」打下基礎。
阿富汗戰爭開戰之初美軍勢如破竹（後來拖了近20年才灰頭土臉結束，又是一個越戰式的泥淖），小布希與其新保守主義黨羽很快就把矛頭轉向下一個（其實圖謀已久）目標——伊拉克，要完成老布希（George H. W. Bush）總統在波灣戰爭的未竟之業：直搗巴格達（Baghdad）。
「陶瓷店規則」：弄破了就得買下來
鮑爾反對開戰。伊拉克在波灣戰爭中元氣大傷，又長期承受嚴峻的國際制裁，對美國的國家安全與利益並不構成威脅，美國沒有足夠理由說服民意與盟邦，推翻薩達姆（Saddam Hussein）政權會讓中東地區更不穩定……
鮑爾對小布希強調所謂的「陶瓷店規則」（Pottery Barn rule）：弄破了就得買下來。（You break it, you own it.）軍事干預的成敗不是看如何開局，而是看如何結束；伊拉克將會成為美國國力與形象的沉重負擔。
「軍人」本色壓過「政治家」原則的「軍人政治家」
但小布希集團仍執意走上險路，而且非常需要鮑爾的背書。鮑爾遂面對一生最艱難的抉擇：辭職，抑或服從。此時鮑爾已是國際聲譽如日中天的軍人政治家，但軍人本色終究壓過政治家原則，他選擇服從三軍最高統帥。
他為自己構築的理由除了「軍人以服從為天職」，恐怕還有「儘管我反對開戰，但如果戰爭無可避免，我還是必須站在決策第一線，確保戰爭順利進行。」但他儘管戰功彪炳，職位卻是國務卿，因此也成為這場戰爭的「推銷員」，負責說服美國社會與國際社會。
於是才有2003年2月5日的聯合國安理會（UN Security Council）演講。鮑爾根據錢尼及其手下提供的「情報」，言之鑿鑿指控薩達姆政權秘密研製大規模殺傷性武器（WMD，核生化武器），以畢生聲譽為美國大軍入侵伊拉克背書，讓猶疑者轉為支持，反對者暫時噤聲。
