於是，麥康緊急邀請蔣經國訪美，與白宮和中情局商討對中國核設施的破壞方案。9月13日，甘迺迪在白宮接見蔣經國時直接問他，是否可以派300到500人突擊隊乘飛機到遙遠的中共原子設施，比如包頭，這些飛機是不是可能被擊落。蔣回答說，這已經與中情局討論過，這樣的操作是可行的。甘迺迪保證，美國官員將與中華民國官員密切合作，搜集詳細情報，以便採取任何適合實際情況的行動。[7] 9月14日，麥康與蔣經國討論決定，由中情局台北站站長納爾遜和蔣經國共同組成一個「中美聯合戰略目標委員會」督導針對中國關鍵軍事和工業設施的準軍事破壞行動，美國將在必要時為共同商定的行動提供足夠的支持。[8] 9月21日，蔣介石自記，蔣經國與甘迺迪討論「以毀滅匪共原子製造設備為主題」，「所得結果比預想為佳也」。[9]
9月24日，回到台北的蔣經國告訴納爾遜，蔣介石已經「原則同意」了雙方協議。蔣經國建議「對匪核子設施之突擊應另行編組一個獨立單位負責，並在絕對隔離及高度保密原則下進行。我總統甚為了解白宮及美中央情報局對於此項計劃之重視與關切，並認為應絕對保密方能保證將來工作之有效與成功」。蔣經國還提出「對目標之選擇，應破壞之部位及實施破壞之優先次序，以及人員之訓練等，尚需依賴美方之協助」。納爾遜完全同意蔣的要求並提議突擊隊員可送往美國秘密基地受訓，待決定派遣時再接回台灣。蔣經國還當場「指定衣復恩少將為此項工作之中方負責人」。[10] 衣復恩少將是國軍空軍副參謀長，當時已經在指揮黑蝙蝠中隊與黑貓中隊的行動。他長期擔任蔣介石專機的駕駛員，曾深受兩蔣信任。12月31日，蔣介石自記年終反省錄說「經國訪美期間，彼自甘乃迪以下各重要部會長作特別誠摯之態度，禮遇倍至，甘且與經國密商破壞共匪核子製造廠之計劃攜回請示，余乃允之，自此雙方合作進入一新階段，而自2月以來所有惡劣情勢完全轉變矣，不料於11月間甘被刺殞命，於是合作情勢又漸停滯。」[11]
不過，經過3個月的籌備，台美雙方於1964年2月6日召開了第一次「新生計劃聯席會議」。衣復恩向蔣經國與納爾遜報告，他組織了絕對保密的空軍「新生小組」負責第一階段的戰略目標研究。會上，納爾遜提出了「五項主要目標為包頭冷氣式鍊鈽廠，蘭州氣體擴散廠，北平原子能研究所，雙城子飛彈試驗中心，長辛店飛彈試驗設施」，他建議「對上述目標之研究同時進行，然後再依據吾人之能力，視吾人所可能到達，可能接進，且可能予以破壞者選定一兩項目標，再作集中更深入之研究」。納爾遜表示「美國政府極盼能與中國政府合作，以執行此項計劃，並願對所需之科學專家，在美或來台予以盡量支援。」雙方協商解決了若干細節問題，主要對「新生計劃」的保密和工作流程作了決定。蔣經國最後總結「本計劃在戰略與政略上均具重要性，中國政府願盡最大力量予以各項可能之支援並達成之」。[12]
