農委會、經濟部、衛福部、交通部 絕對金額最具規模
事實上，在行政院力行「零基預算」，經常門預算每年統刪8-10%的今天，各部會非營業基金如同部會「小金庫」。就絕對金額而言，農委會、經濟部、衛福部、交通部可以說是「大戶」。
以農委會為例，農委會下轄特別收入基金，包括農業天然災害救助基金、漁業發展基金、漁產平準基金、農業發展基金、農業受進口損害救助基金、農村再生基金與林務發展及造林基金，農村再生與造林基金規模最大分別有240億元與39億元，最近為了降低台中工業區廠房增建，所涉及山坡地開發利用回饋金負擔過高問題，農委會特別同意改以實際利用面積課徵。
經濟部下轄特別收入基金，包括推廣貿易基金與能源相關的石油基金、再生能源發展基金與能源研究發展基金，4個基金合計餘額，在2015年還有149.95億元，不過，民進黨政府執政後，因為綠能與空污防治相關費用，都改由上述基金支應，三個能源相關基金規模大幅縮水，今年底合計不到50億元。
除此之外，經濟部還有涉及核電廠停役後所需提存之核能發電後端營運基金，另外，中小企業處為扶助地方特色產業，也有地方產業發展基金。
衛福部特別基金數量多 不少來自民眾荷包
另外一個被外界詬病坐擁「小金庫」的，還有衛福部，根據主計總處統計，衛福部下轄特別收入基金數量極多，其基金收入來源，不少係來自於民眾荷包，包括來自於菸品健康捐的「菸害防制及衛生保健基金」，來自於公益彩券盈餘的「社會福利基金」，其他醫療發展基金、全民健保紓困基金、藥害救濟基金、預防接種受害救濟基金、疫苗基金、食安基金等。
各部會的特別收入基金，即便是相關業務引發爭議，未來可能停辦，但對於相關部會來說，仍然有調節彈性運用的妙用，舉例來說，儘管先前研發替代役與產業替代役被外界批評為提供企業廉價勞工，內政部準備就替代役制度進行檢討之際，內政部研發替代役基金餘額，大約仍有10.98億元。教育部學產基金餘額更高達59.75億元，除了提供清寒學生獎助學金，目前主要業務剩下國有學產地的處分與活化。
特別收入基金太多 立法院難制衡
根據主計總處研究報告，行政部門特別收入基金濫設，容易產生以下流弊，首先，特別收入基金太多，立法機關對於政府支配各項業務之資源將失去均衡的控制。立法機關之核定經費，係根據支應該項業務之可用金額，而不是根據該項業務的需要金額。其次，政府在支應全盤服務需要上的調度，將受有限制，而使特別所入撥充受益的業務，管理反見鬆弛。基金管理寬嚴不一。
