桑卡拉的軍旅生涯沒有什麼彪炳功勳，但很快就成為上伏塔少壯派軍人的領袖。1980年11月軍事政變之後，他首度入閣擔任資訊部長，但進步政策不見容於當道，7個月後去職。1982年11月，他和一位軍中同袍發動政變，出任總理，但也只撐了4個月，下台後還被打入大牢。1983年8月，桑卡拉與他在摩洛哥受訓時結識的龔保雷聯手發動政變，成功之後出任總統，當時他年僅33歲，是全世界最年輕的國家領導人之一。
土地改革、普及教育、環境保育、提振女權……
桑卡拉總統上台之後，對內致力於土地改革、普及教育、環境保育、提振女權、公共衛生。他協助許多「貧下中農」取得土地，讓主要經濟作物棉花產量大增，推動2年200萬人的大規模疫苗接種計畫，開非洲風氣之先正視愛滋病問題，在4年之內將嬰兒死亡率從20.8%降至14.5%，識字率則從13%提升至73%。
布吉納法索位於撒哈拉沙漠南緣，森林濫伐是一大威脅，桑卡拉政府在全國7000個村莊開闢苗圃，植樹數百萬株。他鋪設了700公里的鐵路。他廣設磚廠，讓貧民也能取得建材蓋房子。他的政府大量晉用女性，包括女性部長，鼓勵女性出外工作，禁止嚴重傷害年輕女性的「女陰殘割」（FGM）。
主政一年之後，桑卡拉將國名從「上伏塔」改為「布吉納法索」，意為「正直誠實之人的國度」（Land of Upright People）。在許多方面，桑卡拉可說是以身作則，他自奉甚儉，一上任就將總統府豪華車隊換成平價車款，以自己為首的高層官員全面減薪。許多非洲國家領導人要求公共場所懸掛「玉照」，他從來不這麼做。
對外，桑卡拉力倡非洲各國團結一致，對抗新殖民主義，但也未免矯枉過正：他與布吉納法索前殖民宗主國法國一直關係緊張，也拒絕接受世界銀行（World Bank）、國際貨幣基金組織（IMF）等組織的援助，曾說：「餵養你的人也會控制你。」
1987年10月15日，這一切戛然而止。桑卡拉慘遭暗殺，遺體被草草埋葬，至今下落不明；親密戰友龔保雷政變奪權，上台後一切反其道而行。龔保雷當了27年總統，2014年10月垮台時（也是被政變），布吉納法索仍然是全非洲最貧窮、落後的國家之一。
桑卡拉不能不被歸類為「獨裁者」，兩度發動政變，任內大權獨攬，推行的「革命人民法庭」（TPR）尤其飽受詬病，淪為壓制異己、整肅政敵的工具。但是與諸多非洲「萬年總統」——包括龔保雷——相比，桑卡拉畢竟令人懷念，也令人遺憾。
桑卡拉遇害之後，遺孀瑪麗安（Mariam Sankara）鍥而不捨，嘗試為亡夫尋求司法正義，要將人盡皆知的「元凶」繩之以法，並追求有無外國——例如法國——政府參與。等到龔保雷垮台，這才曙光乍現，法國軍方同意分3次移交相關機密文件。今年10月11日，大審終於在首都瓦加杜古（Ougadougou）開審，龔保雷等14人被列為被告。
儘管龔保雷與另一名關鍵被告、前總統府侍衛長卡方多（Hyacinthe Kafondo）早已逃到鄰國象牙海岸，只能接受「缺席審判」，但是對於布吉納法索、對於整個非洲，這場大審仍然深具歷史意義。畢竟，真相與正義才是和解的前提。
