四項公投以總投票率不及41％及藍綠皆未過25％門檻而遭否決。其中值得注意的是各項不同意票皆高於同意票，但國民黨佔優勢的北部東部及外島縣市，同意票皆高於不同意票。這說明了只要是國民黨搞藍綠對決，深藍選民必定踴躍投同意票；而藍營跨不過25％門檻，與核四老舊且不安全性高、三接受阻將造成缺電及不利台灣經濟與產業發展、反萊豬通過將讓友邦認定台灣違反國際貿易規範等因素相關，對這些因素的「深刻理解」促使許多淺藍、愛台藍、經濟藍決定不投票。
至於綠營未跨過25％門檻，不同意票卻高於同意票，主要因蔡政府以四項公投通過將造成台灣大倒退及不利國際發展為訴求，受到全國民眾矚目，不少中間選民即為此特意去投不同意票。公投揭曉後，蔡英文馬上說「這次公投過程傳達台灣人希望走向世界、願意積極參與國際的明確訊息」，她的話顯示民進黨宣傳的重心不是藍綠或統獨對決，而是公投通過與否對國家、人民、經濟及產業的影響。獨派投票率低，淺藍、愛台藍、經濟藍決定不投票，不少中間選民反而特意去投不同意票，反映的正是蔡政府唤醒了大家對四項公投利弊而非藍綠勝負的「深刻理解」。
事實上，公投本來就是對事不對人（與選舉投票的「人際關係考量」大不相同），不只是蔡政府充分了解這點，國民黨主席朱立倫也了解這點。朱立倫在投票前晩活動時表示「公投沒有個人或政黨的輸贏，只有台灣民主的勝利」，這和蔡英文當晚表示「不要因為想（投票）教訓誰，而教訓到自己愛的台灣」，兩者區別並不大，都是「對事不對人」，訴諸公民自由意志。
遺憾的是，公投揭曉當晚，朱立倫卻說這次公投結果「對追求深化民主的人是民主傷害」「是民主獨裁政府的勝利」「公投已死，把公投與大選分開，就是證明現行公投法是把公投殺死、關進鳥籠的惡法」。朱立倫如此說法，顯示他刻意忽視國民黨把這次公投設定為「倒閣及教訓民進黨的不信任投票」、忽視四項公投的同意民調長期高於不同意，藍營跨越25％的門檻原本並非難事，最後會呈現結果翻盤，全是因蔡政府唤醒了全國民眾對四項公投利弊的「深刻理解」。這怎麼會是「民主獨裁」的勝利及「公投已死」？
朱立倫把公投被民意否決歸咎於「執政黨民主獨裁」及「公投已死」，顯示國民黨「黨國習性」深重，不願承認民意「正確走向」及民進黨「唤醒民心」。民進黨這次認真扮演好「盡責執政黨」（有別於2018年對公投漠不關心）的角色，國民黨卻繼續扮演「不忠誠反對黨」，不只朱立倫，連剛被朱立倫邀請回黨的傅崐萁也在公投後痛批侯友宜等不夠反綠，要國民黨「揮淚斬馬謖，告別藍皮綠骨」（如同馬英九總統任內刻意對付王金平）；而堅持三接遷離的公投領銜人潘忠政更說「這次公投投票率偏低的原因，是政府不斷釋放假訊息，造成人民錯覺，執政黨要負最大責任。」
