不過，部落公法人因為在原住民土地的開發行為，將有很大的主導力量，因此，原民會迄今仍未完成《部落公法人組織設置辦法》之公告。
官員表示，原民會在《設置辦法》預告期間，召開多場諮詢會議，邀請總統府原轉會與原住民民族議會代表參加，但各方意見頗為紛雜，有些與會人士對部落公法人期待很高，有些人則認為先上路再說，「先求有，再求好」。
最麻煩的則是部落公法人的劃設與認定，官員表示，原住民部落，有可能是一個民族只有一個部落，例如邵族；有些原住民族例如阿美族，就有高達210個部落，大型部落規模幾乎等同於一個村，政府方面對於部落的行程與劃設，僅能從旁輔導，不宜主動介入。
官員表示，依據台灣14個原住民族部落會議的實際運作狀況，目前賽夏族有南北二群，北群主要在新竹五峰，南群則在苗栗南莊，其中，北群的10個部落目前醞釀要成立聯合公法人；泰雅族也有類似想法，希望按照流域或傳統分佈規劃，換言之，未來部落公法人上路後，規模大小有可能相差近600倍，將考驗未來政府的資源分配。
其次，部落公法人因為不是地方自治團體，未來所享有的公權力，也會相對受限，原民會官員表示，部落公法人的法源依據為《原基法》，原民會過去曾經與內政部協商，希望未來部落的行政協調，委由部落公法人辦理，不過，寄發相關行政協調會議的開會通知，必須取得部落的戶籍資料，依據目前戶政機關調閱規定，非中央與地方行政機關，不能取得人民個資，原民會方面雖然可以發函向地方政府，取得戶役政資料，再將資料轉給部落公法人，但是原民會也有戶役政資料的調閱權限，只有在鄉鎮以上，鄰里以下單位就得向地方政府情商才可取得。
原民會官員表示，部落公法人的設置，是希望部落內部重新建立溝通平台機制，過去部落內部的溝通，都是藉由非正式組織或會議討論，現在有一個法定組織，將可代表部落直接作出法律行為，包括訴訟或簽訂行政協定或承受國家權力。
官員表示，台灣民眾對於新竹司馬庫斯部落的空間治理，都讚譽有加，如果能夠透過部落公法人的設置，讓原住民地區空間治理權限交還給部落，才能落實「原住民是山林守護神」的理念，原住民族也更有能力向國家主張應有權益。
