更糟的是，監委履勘時詢問機構人員當時有沒有聽到聲響、都說有，兩位施暴者卻都說那不是打人的聲音、是李生鬧脾氣在踢床，「我覺得這很不可思議。」甚至，案發後德芳教養院被勒令關閉一年、院生都必須轉其他地方安置，一名年老的院生要給姪女帶回去，姪女卻見到自己的姑姑全身髒臭，懷疑機構是否有盡到應有責任，「對於有這樣患者的家庭，這何其沉重……」
調查揭開院長驚人背景：這種機構居然可以一直存在，等他打死人，社會才震驚…
虐死案並非德芳教養院唯一的問題，監委王幼玲報告，德芳第一個問題就是長期專業工作人員不足、未依法定比例晉用，加上院長任意扣薪，在2015年至2021年就流動了65名工作人員、每年人力都不足，受訓時間也都不符規定，多名證人也出來說機構濫用約束帶、毆打、禁閉等狀況。王美玉補充，德芳的工作人員連「每年20小時」的專業教育訓練都做不到，就是因為人一直走、留不住，「這種機構居然可以一直存在，等他打死人，社會才震驚。」
再調查下去，機構連林姓院長都有問題。王幼玲說，雖然虐死案裡林姓院長不起訴、檢方認為他當天下午不在場，但就幾名施暴者所言，當天早上有先將李生帶去院長辦公室，由此可見院長不是完全不知道李生狀況，也有一定責任。此外，早於2002年林院長於南投縣憫惠教養院董事時，就因公益侵占等案件判處1年2月徒刑，之後改名希望擔任憫惠教養院院長、卻被南投縣政府發現偽造結業證書，又被縣府向南投地檢署告發。
德芳教養院堪稱「家族事業」，林姓院長的兒子就是教保組長、董事長是妻子，這也衍生不少問題，例如帳目。證人B說：「東西都會自己收起來自己使用，不用在院生身上。電腦也納為自用。院長的太太就是董事長，帳都是院長太太在做……所募到的捐款，會關起門來點，還備有零錢點鈔機，紙鈔會先收起來。錢不會經過會計。」「每個月2萬元零用金，院長都供自己使用。縣府的加菜金，直接撥到帳戶，都沒用在院生身上，只用一點點給院生。」
某院生家屬受訪時則說，疑似被巧立名目收錢：「教養院用不同方式來要錢，暑假未返家，依契約應收8日費用（每日350元），但一天卻要收2千元，或藉口說要帶院生出去玩……教養院的收費好像不一致，需要釐清，暑假我幾乎都繳1萬多，其他院生好像都沒這樣。」
此外，德芳也在2013年、2017年、2020年皆有被民眾檢舉違法募款的狀況，假日帶著院生到南投的宮廟、新竹夜市去乞討，雖然狀況經苗栗縣府調查屬實、表示若之後再違規的話要請衛福部列入勸募活動准駁之參據，2021年7月份虐死案發生後衛福部廢止德芳勸募許可，監委卻在履勘時發現，德芳還公然在網頁上募款。
