雖然英國人成功地將沙皇的子民，從希瓦的奴役之中解救了出來，但他們在解救被布哈拉埃米爾囚禁的英國同胞時，卻表現得一敗塗地。他們為了說服納斯魯拉（Nasrullah）埃米爾釋放查爾斯・史多達特，做了不少努力（更不用說，俄羅斯人、突厥人，以及希瓦、浩罕汗國的統治者，也都為此出過力），但截至當時為止都沒有任何成果。這位可憐的英國軍官，此時已經在被關在那裡將近兩年了。他每天的命運，似乎都取決於納斯魯拉多變的心情，以及他當下對於英國在亞洲勢力的估算。因此，當他得知喀布爾降服於英國的消息之後，史多達特上校的待遇便突然獲得了改善。在那之前，他都被關在一座約六公尺深的地牢底部（當地人都稱那座地窖為「黑洞」），而且還得和另外三名罪犯，以及各種蟲鼠、和其他令人不悅的生物，一起待在同個空間裡；進出那座地牢的途徑，只有一條繩索。
現在的他終於離開了地牢，改為在埃米爾的警備首長的家中接受軟禁。然而這並不代表他的厄運就此結束了，因為埃米爾並沒有表現出要讓他離開布哈拉的樣子。關於他究竟為何會被埃米爾囚禁的這個問題，我們並沒有明確的答案，但有幾個可能的解釋。在這樣一個詭譎多變的地區裡，早在史多達特抵達布哈拉之前，關於他的傳言，早就無可避免地已在當地流傳開來了；那個傳言指出，他根本就不是什麼特使，而是一個英國間諜，被派來為英國人對布哈拉的進攻計劃先行鋪路。如果真是如此的話，那麼他看到的東西已經太多，因此不能讓他活著回去了。然而他之所以會引起納斯魯拉不悅，其實還有另一個原因。史多達特於一八三八年十二月十七日一抵達布哈拉之後，便犯了一個極度不妥的錯誤：他當時身穿全副軍裝，便騎著馬前去埃米爾的王宮呈交國書，而不是依照布哈拉的習俗，恭敬地下馬行走，這點讓當地的百姓都非常吃驚。
不巧的是，納斯魯拉當時正好也要返回宮中，因而在城裡主廣場的另一邊看見了上校和他的隨從。當時的史多達特，則依循英軍的慣例，在馬背上對納斯魯拉行了個禮。根據某個文獻的說法，納斯魯拉「對著他凝視了一段時間之後，便一言不發地走掉了」。此外，史多達特在初次覲見埃米爾時，又產生了一些誤會，因此很快便被丟入了鼠滿為患的地牢裡。
有些人認為，會發生這些事情，責任其實在史多達特自己身上；有些人還指控他太過傲慢、不夠敏銳。但即便真是如此，納斯魯拉對待他的方式也不太合理。史多達特和本恩斯、璞鼎查、波廷格以及羅林森不同，並沒有學過東方外交的那些奉承方式。一如他的一位同儕軍官所說的，「史多達特就是一名軍人，一個非常勇敢、意志堅定的男人。如果要攻城或守城，沒有人比他更適合。然而如果是外交任務，他就沒那麼適合了。」的確，他之所以會遭遇到這樣的命運，大部分責任，都要歸咎於那些挑選他進行這項棘手任務的人，尤其是駐德黑蘭的約翰・麥克尼爾爵士——麥克尼爾自己也曾經參與過這場大競賽，對東方人的規矩禮數暸若指掌。
