吳玉琴表示，行政院版本中有非常多條文都是關於指定菸品，而新興菸品已經不是用舊有菸品的概念可以管理，將加熱菸載具用菸品管理「可能也不是很對」，應該新增一款條文將指定菸品的組合元件定義清楚。
健康風險評估審查機制不明 立委：條文等於是「空白授權」
而在第七條的指定菸品健康風險評估審查也引發立委的質疑，吳昭軍說明時表示，該條文是用於公告指定菸品，包括加熱菸的風險並不清楚，或是傳統菸草有改變成分，可能導致風險更高，也必須要送健康風險評估審查，「法案通過後會制定審查辦法，規定業者要繳交的文件，包括過去做的研究或論文，大概會按照美國FDA所要求的送審事項。」
吳玉琴表示，未來指定菸品就是要申請健康風險評估，「到底要審查什麼？後面的風險評估完全是授權衛福部訂定，等於是空白授權，到底未來風險評估如何運作？」民進黨立委陳瑩也說，過去曾要求衛福部做相關風險評估研究，「衛福部回應是沒有辦法做，有一些評估是曠日廢時，我的質疑是有沒有能力做？」
陳瑩表示，如果衛福部沒有很清楚說服民眾如何做出風險評估，「我們也會被質疑為某一家菸商背書，這都要考慮的很清楚」，美國FDA做的研究算是最具公信力，「是以同樣標準，美國通過了，那就可以通過？」，十大醫藥先進國家衛生機關是不是可以拿來做參考?
石崇良回覆說，審查委員會有自己的標準，只是要求業者提送的資料和文件會比照美日兩國的規範，「但是最後審查通過與否的標準是由我們的委員來訂。」林奕華則質疑，若讓廠商自行提供資料，「要如何把關？說實在菸商要進來，不可能做得不好，一定是數字都是好看的。」
加熱菸體積小卻課捐高 衛福部：不鼓勵轉用加熱菸
此外，第四條的菸捐也是朝野立委關注的條文之一，目前行政院版本明定其他菸品的健康福利捐為每公斤新台幣一千元或每千支一千元並取其高者。吳昭軍說明指出，立法時考量加熱菸是屬於其他菸品，目前是用菸草柱，因此是以支來算，但考量未來可能會改變型態，因此也制定用重量來課菸捐，「還是以課稅平衡原則。」
林為洲指出，細支菸和加熱菸的體積都比較小，尤其是加熱菸小很多，「因為是取其高，所以不會用重量」，所以單位尼古丁被課的菸捐比較重。陳瑩也表示，加熱菸小支又比較貴，這樣以價制量的概念，「是不是變相去鼓勵抽傳統紙菸？」
石崇良則表示，第四條第四款主要是處理新型態的菸品，對加熱菸來說，因為菸柱比較短，如果算支，好像相對菸捐就課的必較重，「那其實我們本來就不鼓勵加熱菸，紙菸本來大家就在抽，我們也沒有鼓勵，本來就不鼓勵說轉換變成加熱菸，所以相對的捐比例上會高一點，其實也是合理。」
