14世紀時，因為教宗當局長期流亡至亞維農（1309─1376年），使得教宗不論從哪方面都越來越沒有機會跟君主討回主動權。
羅馬城不是一個好待的地方，尤其到了炎熱的夏天，更是容易傳染疾病。對教宗們來說，總是有敵對的貴族陣營以及一個重生的公民政府要對付。然而，教宗權力是緊密聯繫於聖彼得本人以及聖彼得大教堂內聖彼得遺物的權威，所以幾乎無法設想教宗在羅馬之外還能有效行使權力。一位姓名不詳的羅馬神職人員於13世紀寫到，一個教宗住在城外就失去了一半的尊嚴，「就像女人沒有丈夫，羅馬沒了教宗看起來也是如此。」
當初教宗克萊孟五世（任期11305-1314年）遷往亞維農時，可從沒打算永久如此。克萊孟五世希望重新修補教宗權力與法國君主之間破裂的傳統關係，他雖然認為普羅旺斯城市亞維農不是法蘭西王國的一部分（該城位在當時西西里統治者普羅旺斯伯爵的領土內），卻比較適合當這項修補行動的臨時基地。此外，該城位在隆河（River Rhône）上，能和其他天主教國家進行有效聯繫。克萊孟的繼任者，也就是樞機主教們僅僅內鬥兩年就選出的若望二十二世（任期1316-1334年），本來就在亞維農當主教，始終都沒有要遷回羅馬。若望的主教宮變成了宏偉浮誇的亞維農教宗宮（Palais des Papes），是一座教宗君主政體的恰當背景。
隨著教宗們堅持強化自己發放聖職俸祿（或者被稱作「給養」）的控制權，讓租金、捐款和其他各種形式的歲入都得付給教宗宮廷再分配給其偏好的領收者，進而穩固了自己的財政之後，教宗行政的品質在亞維農便有所進步。然而，這也有掏空地方資助金的效應，也使得每一次新任教宗就職都激起大批申請者前來宮廷（1342年教宗克萊孟六世〔Clement VI〕當選之後，甚至多達6000人前來）。如今，人事任命變得集中化，常有外來者被教宗們指派到賺大錢的主教轄區，卻從來都不住在這個新教區。這些發展的後果是讓教會遠離了地方政治，因此強化了「一個獨立於其廣大子民之外運作的富有機構」的印象。個別教宗任期短暫的一個長期後果，就是鼓勵人們販售那些下一任教宗得支付其薪水的職位。到了1520年代中期，教宗收入有30％都花在官僚體系內，到了1560年則是50％。
就如曾在教宗行政機關內任職的人文主義者佩脫拉克所言：
在此當政的是加利利（Galilee）貧窮漁夫的後人；他們莫名其妙地忘了自己的起源。當我想起他們的先人時，我驚愕不已地看見這些人戴著黃金、穿著紫衣，吹噓著王室與國家的縱容；看著奢華的宮殿高樓蓋滿防禦工事，而不是把一艘小船翻過來遮風蔽雨。
