台南市府長期推動玉峰堰建工業用水專管，讓玉峰堰的原水經山上淨水廠處理後，不需經第二次淨水就能用專管送到南科園區使用，環團憂心此舉會把玉峰堰從民生用水轉為工業用水，從而可以解編「曾文溪水質水量保護區」，開放工廠開發。近來又傳出行政院投入前瞻基礎建設經費25億元，水利署副總工程司林元鵬今（25）也表示工業用水專管劃已經核定，環團再次北上要求行政院召開公聽會、並到監察院陳情。
玉峰堰位於曾文溪下游的台南市山上區，其原水送至山上淨水廠初步處理後，再送潭頂淨水廠二次處理，屬於公共用水，故曾文溪玉峰堰上游目前依《自來水法》編列為水質水量保護區，擋下許多開發。自2003年來，台南市府一直在推動變更玉峰堰水源用途、爭取解編曾文溪水質水量保護區以利開發的政策。
近期受阻的開發案中，最知名的莫過於統一集團的「統一夢世界」，開發案基地在台南市玉井區，且與水質保護區範圍重疊，全案近300公頃，預備要蓋度假旅館、主題遊樂區等設施；營運後將排放大量廢水從支流匯入曾文溪主流入海，若未經妥善處理，可能會影響曾文溪流域水質。
台灣水資源聯盟學術召集人陳椒華指出，行政院核定玉峰堰工業用水專管，就可符合《自來水法》相關作業要點中「自來水供水標的非供家用及公共給水者」的規定，申請廢止「曾文溪水質水量保護區」。
台南市府先前曾回應，玉峰堰工業用水專管完工後，枯水期時山上淨水廠便無須再送水到潭頂淨水廠，潭頂可騰出4.5萬CMD的淨水容量，原玉峰堰管線則轉為民生用水備援管線；若遇天災或缺水時期，潭頂廠可從曾文烏山頭水庫與南化水庫引水調度，增加台南供水穩定度。
水利署林元鵬：評估未來台南地區人口產業大幅成長 須提高備援水量
不過陳椒華表示，豐水期的玉峰堰本來就是台南地區的優先供水來源，符合民生用水等級，同時提供民生與南科園區使用，並可節省來自烏山頭水庫的水。她批評根本沒必要花25億另建工業專管，專管建成後，枯水期潭頂廠不能優先使用玉峰堰水源，又需另從烏山頭水庫和南化水庫取水，不利節省。
林元鵬則重申，設置工業用水專管的目的，是由於評估未來台南地區人口及產業將大幅成長，故須提高備援水量、讓台南地區供水更穩定，並不是為了解編曾文溪水質水量保護區。
對此陳椒華回覆並不相信水利署的說詞，強調一旦玉峰堰水源用途從民生轉為工業用水，則規劃單位便可申請解除編列曾文溪上游為水質保護區，如此一來除了「統一夢世界」開發案可望解套，廢棄物掩埋場、污染性空場等高污染性產業皆可能進入目前的保護區內開發。
包含台灣水資源聯盟、荒野保護協會台南分會、台灣生態學會等等，眾多環保團體皆有派員，今日共同在行政院前召開記者會，呼籲呼籲中央與地方重視保護曾文溪，免於像將軍溪、二仁溪等溪流一樣受到嚴重污染。環團也遞交陳情書給行政院經濟能源農業處參議何忠昇，經林元鵬確認山上淨水廠和專管皆已核定，也要求政院召開公聽會，接著再到監察院陳情。
