至於其經費狀況，依史丹佛大學胡佛研究所2018年所出專書《中國影響與美國利益：提高建設性警惕》（China's Influence &. American Interests: Promoting Constructive Vigilance），此書是由多名美國中國問題專家編著，焦點置諸中共在美國的影響活動，195頁第四章尤其與本文相關，漢辦提供給美方合作的大學孔子學院創辦經費15萬美元，其後依合作對象和財務狀況每年提供1萬5000美元。依《經濟學人》雜誌的報導，漢辦在2013年的全年支出為2億7800萬美元，為2006年的6倍之多。另據維基解密的資料，2009年孔子學院平均預算為每年40萬美元，資料來源不同，併請參考。此處之所以不厭其煩談到經費問題，其中一大因素是經費乃是中共與合作對象最見衝突之處，甚至成為被關閉的導火線。
世界上的新進國家，頗有一些於20世紀下半即在世界各地創設推廣本國文化的機構，例如美國的新聞處／中心（USIS），法國盟友（L'Alliance）、德國哥德學社（Goethe Institut）和西班牙的舍凡提斯學社（Instituto Cervantes），中國設立的孔子學院，大概也有列入先進國家之林的用心！但它與上述獨立機構最大的不同是：孔子學院採取共同運作的方式，即它是納入地主大學或地主學校之內，經費也是雙方共同負擔，由漢辦安排中國的一個大學為合作對象，中方則負責提供教師、課本和相關材料。最出問題的地方在於漢辦與地主學校契約內的兩項規定：一、是禁止孔子學院做出任何違背中國法律的活動；二、是要求所簽契約需保持秘密，令學術機關的監督造成很大的困擾。
美國馬里蘭大學（University of Maryland）與南開大學在2004年11月17日簽署協議，成立了美國第一家孔子學院。其後，孔子學院的成長速度可為令人大吃一驚，到了2014年即十周年時，全美已有90多間孔子學院，包括哥倫比亞大學、史丹佛大學、芝加哥大學等名校。到了2018年，孔子學院已達111間，孔子課堂501處。至於孔子課堂自是以中小學為主，全美第三大公立學校系統的芝加哥學區，於2006年推展孔子課堂，到2014年學習中文的學生多達八千名，中共總理胡錦濤2011年訪問美國，還特別到芝加哥知名高中參觀其中文教學的實況。（詳見芝加哥論壇報2014年12月5日報導）但興旺之餘，危機卻已顯現。就在這篇消息出現之際，美國國會眾議院正舉行聽證會，聽取批評者大力質疑中國政府對芝加哥公立學校行之有年的華文教學的影響。加州大學河濱校區著名的中文教授林培克（Perry Link），接受論壇報訪問時，就很不客氣地駁道：「幹嘛把我們的青年人交給一個專制的政府，只因他們出了經費？何況我們也是有足夠的經費來做」。怪不得史丹佛大學2018年的專書談孔子學院的一節首句話即謂：「在整個美國與中國的教育交換中，最具爭議性者之一就是孔子學院。」
