到了1927年，陳紹寬眼見北伐即將勝利，才倒戈參加國民政府。當時中國除了閩系海軍外還有東北及廣東海軍，但是軍艦數量最多，噸位最大的顯然還是閩系海軍，所以海軍署署長以及後來海軍部部長的職務自然是由陳紹寬出任。也因此陳紹寬的海軍雖然有「中央海軍」之名，實際上卻從來不嚴格執行中央政府的命令，讓蔣中正十分頭痛。
1932年上海爆發「一二八事變」，中央軍無論是陸軍還是空軍都派往前線支援廣東部隊19路軍抵禦外侮，但陳紹寬卻不允許海軍艦隊參戰。事實上在開戰前一天的1月27日，陳紹寬就派人向日本駐南京大使館海軍武官影沼大佐打了招呼：「敝國長江艦隊固不敢炮擊貴國軍艦，今奉上峰之命，勢不得已，僅略將軍艦調動，出入港內外，萬無戰意，願貴國優容之，勿以為罪也。」
因此在「一二八事變」結束後，監察院提出海軍彈劾案，對陳紹寬展開調查。陳紹寬主動辭職海軍部長職務，最後是在汪精衛的遊說下才重新回到海軍效力，但是他親日的形象卻就此難以洗刷。所幸對日全面抗戰爆發後，閩系海軍表現英勇，且戰鬥到幾乎全軍覆沒，才稍微挽回了陳紹寬的名譽。但是對蔣中正而言，對日抗戰的全面爆發則無疑是他清洗閩系人馬的天賜良機。
靠美國重建海空軍
陳紹寬確實是親日，但是他親日的原因還是受到1902年建立的「英日同盟」影響，因為閩系海軍大多數留學英國，自然會受到英國的影響而對日本有好感。但陳紹寬之所以會對日本印象好，主要原因還是來自於他們本質上親近英國，所以根本來講閩系海軍還是英國在華的代理勢力。蔣中正想要剷除掉他們，就必須要尋求新的外來勢力支持，這個勢力毫無疑問是美利堅合眾國。
當然在美國入場以前，日軍已經率先幫忙替他剷除掉了90%以上的閩系海軍，讓蔣中正有理由要求美國協助他建立一個不受陳紹寬人馬干擾的新海軍。1941年7月3日，眼見美日戰爭已經難以避免，美國陸軍參謀長馬歇爾（George C. Marshall）派遣由陸軍准將馬格魯德（John L. Magruder）率領的美國駐華軍事代表團抵達中國，商討兩國合作對日作戰事宜。
在1941年10月31日的一場會晤中，蔣中正開宗明義表示中美兩國的戰時合作屬「臨時性質」，他的終極目標是要與美國建立長達20到30年，甚至於更久的軍事同盟關係。蔣中正知道中國工業能力不行，因此強調戰後中美的軍事合作應該建立在中國出陸軍，美國派遣海空軍的前提上，共同維持西太平洋的秩序。
蔣中正表示：「于願美國助我發展中國海空軍，並建築海軍根據地，蓋兩國在防禦上之合作足以保證太平洋之安全。于自信有運用陸軍之能力，惟海空兩軍，于必請求美國友人協助組織。建設海軍問題，今自可從緩，惟為中國訓練及建設新空軍，于願美國能擔負起全副責任，于並願將全部組織該項空軍之權，交與美人主持之。」
