在北高行認定教育部不聘任管校長的決定為行政處分後以後，未來幾個月內行政院訴願會與教育部的日子會開始難過起來。因為教育部先前一直在跟整個社會鬼打牆，玩狡兔三窟的把戲，對於該不聘任決定的性質，一直在內部職務指示、上級行政指導與行政處分之間跑來跑去，給相對人的救濟方式製造困難。現在行政法院確定該決定為行政處分，將對後續的訴願與訴訟發生確定事實的效力。政院訴願會與教育部現在就必須要當成這是一個行政處分來處理，不能再對此游移不定。而要捍衛這個處分全然合法，顯然會非常辛苦且痛苦。
因為既然是行政處分就必須要嚴格遵守法律，依法行政。然而遍查不管任何法律、授權命令，或相關內部行政規則。都不曾說過教育部在什麼前提情況下，可以不聘任公立大學的校長，其裁量的原則基準是什麼，該處分根本自始於法無據。而教育部根據對大學自治起碼的尊重，其監督只能審查遴選過程有無明確違法，而不能及於去當薪酬委員有沒有事先申報，這種頂多只算輕度瑕疵。
法院認證「教育部不聘任管中閔之決定乃是行政處分」以後，這表示台大不是教育部的下級機關，而是享有自治權的獨立存在單位。所以這個決定不是「上級對下級的指示」，而是「教育部對台大的干預」。法院承認了台大在「遴選校長」上的「自治權」-所以不是聽上級的就好，而有自己遴選校長的空間。
所以在後續實體爭訟時，教育部「拒絕聘任」的決定就會因此居於相對不利地位。因為主管機關干預了大學自治，所以請負舉證責任說明台大遴委會的決定是明顯重大違法瑕疵。舉證所在即敗訴所在，教育部敗訴的風險由此開始升高。
這個不聘任的行為被法院認定為行政處分，算是北高行對9個月來的拔管事件所開的第一槍。9月上旬傳出葉俊榮教育部長消極面對台大校方、學生與台大校長當選人管中閔對校長遴選案提出訴願，迄今超過3個月了，教育部仍未提出資料與答辯，導致行政院訴願會無從審議。教育部長葉俊榮甚至公開表示，不管教育部有沒有答辯，訴願都可以繼續進行。此事算是教育部自己開的第二槍，這擺明了就是教育部在訴願過程中，都不會再提答辯書給行政院的意思。
這個動作的意涵，公法大師葉俊榮自己不會不清楚。在訴願過程中原處分機關要提出資料與答辯，交給訴願機關審酌。出於訴願法58條3項規定：「原行政處分機關不依訴願人之請求撤銷或變更原行政處分者，應儘速附具答辯書，並將必要之關係文件，送於訴願管轄機關。」這是法定的義務，不可等閒視之。如今教育部在這3個月內竟未檢卷答辯，等於葉部長已經從反面默認了，教育部先前不聘任管當校長的原處分有相當大的瑕疵，「應依訴願人之請求撤銷或變更」！但因受到反管人士的包圍挾持，教育部長不敢自己做決定，只得順勢把燙手山芋丟給長官行政院。
