赤崁樓是臺南的重要名勝，是臺南歷史文化的象徵，最初是荷蘭時代的普羅民遮城，而到日治時期已經被視為見證歷史的文化資產。赤崁樓躲過了戰時的空襲，於是成為戰後臺南市歷史館的所在地，石暘睢於戰後 16 年的館長生涯，全部時間都在此地。日治時期的臺南市歷史館之設置，係奠基於 1930 年臺灣文化三百年記念會展覽會，並於 1932 年在安平成立史料館，並在歷經 1935 年始政四十周年記念博覽會時，收到捐贈的貴重史料擴充館藏，進而於臺南市中央的大正公園旁（今湯德章公園），興建一座二層樓的建築。建築風格參照了明治神宮繪畫館以及臺北市教育會館展覽會場，並在 1937 年 3 月召聘臺北帝大畢業的齋藤悌亮擔任歷史館主任，歷時將近一年的興建，於 1937 年10 月 1 日正式開館，而石暘睢則為開館之初的館員。
毀於空襲的臺南市歷史館
博物館除了一般性展覽之外，應有特展舉行，例如 1938 年由黃伯壎支援清代黃本淵遺墨展，展品包括參考資料共計 40 幾項，這項收費的展覽，期間共吸引了 592 名觀眾參觀。1943 年6 月還曾因為展示「林則徐大印」而見報的臺南市歷史館，到了戰時便因局勢緊張而暫停開放，並將所有典藏品藏於「館南棧房與本市延平郡王祠內」， 1944 年赤崁樓重修完竣，先是在1 月中，「歷史館部份史料移藏樓中及蓬壼書院內，準備於四月一日在這攬古勝處重新開幕。」、「不料先於三月一日下午零時，盟機大舉空襲本市，留藏於青年路舊館之史料，全部炸毀；儲存在赤崁樓與蓬壼書院者倖免於難，重新開幕的計劃也就成為泡影。」
1945 年 3 月 1 日，美國第五航空隊出動了「 B-24 解放者」空襲臺南市區，投下了造成嚴重災情的燃燒彈，造成臺南市區超過一千棟以上民宅的損壞。
1945 年 8 月 15 日終戰，幾天之後吳新榮迫不及待的來到市區，剛好記錄了民生綠園旁兩館會館、州廳遭空襲後的情況：
先由大銃街入城，始見爆跡之慘。而疎開者歸來之人已多。戰禍與民苦之情景現於眼前。至西門町一望本町方面，宛如古戰場。嗚呼，我所愛的古都，如此變貌了乎！⋯⋯。至州廳邊，見兩廣會館完全無跡，嗚呼！我心既暗澹了。⋯⋯至赤崁樓，其偉容依然嚴在，始慰我心。總是過去三百年之一切，即清朝的遺風，日本的色彩，皆為此一戰完全清算去了。
赤崁樓尚存而民生綠園一帶災情慘重，大概也指出戰後文獻中指稱的歷史館遭毀的事實，也同時指出了那些倖免於難、存於赤崁樓的文物，提供了臺南市歷史館在戰後再起的重要憑藉。
