（二）經濟面的妥協、合作
日人一方面逐漸剝奪清治下臺灣豪族之地位，以樹立其統治威權；但另一方面也對順從之豪強的權益，作某種程度的承認。茲以林家利源之一的樟腦為例說明。
劉銘傳時代林朝棟控制中部樟腦之產銷權，其下轄有隘勇營，維持番界之安全。日人領台初期，官力有所不及，1896年3月，總督府以敕令39號，襲用撫墾制，林家權益乃不受影響。然而，總督府控制手段步步逼緊，1896年，臺中縣政府諭示林紹堂，其所自置之隘勇，自10月1日起，需接受其管理，每月發給貳仟圓為薪糧之費。其中重要條款為：
- 隘勇人數定為400名，成員如有變動，須隨時報明；
- 隘勇須聽從官府調遣，並不得有暴行；
- 火藥由地方官稟請總督府軍務局補給。
換句話說，日本當局容許林家保有一定數目之隘勇，以維護其樟腦權益，但喪失主導權，而須聽從其調度、接受其補給。
1898年6月，臺灣總督府為控制世界市場，進一步發布律令，改樟腦為專賣事業以控制產銷。1899年6月，設臺灣樟腦局以執行任務，3年後，收益大增。同時，總督府為強化統治與增進山地資源的利用，將隘勇線逐步向內山推進。林家之隘勇在1901年臺中改為廳後，林紹堂轄下之原林朝棟2營隘勇仍允許保留1營，保護水底寮至埔里社間之製腦業者。在1902年後之討蕃事業中，隘勇、隘丁多被動員起來執行任務，如1902年之討伐南勢蕃稍來社，林家所統轄之隘勇自亦配合政策，聽候差遣。
在日本統治下，林家政治上難以發展，自然轉向經濟求出路。為此，甚至與日人合組公司，如林紹堂曾與藤田、住友兩會社組「台阪公司」，從事熬腦業；惟此項合資企業不甚成功，而於1898年9月13日宣告倒閉。
至於林朝棟，雖身在大陸，但仍心掛臺灣產業。他先派其子林子佩入籍，以承管巨大家業；林子佩死後，由季商、瑞騰接替。其中季商之角色特別值得注意，由於目前所搜集之資料未齊，無法得知其活動之全貌，在此僅舉一例說明。如林季商在臺中大街設有「合昌商會」，1900年9月，他自上海歸來，又加以整修，以期提高獲利。1901年5月間，林朝棟又聘請福州人葛宇寬來臺，以輔佐林季商，經營事業。又，林朝棟三弟輯堂（朝宗）死於1901年11月20日，其生前財務關係之善後，亦由林季商出面料理。可見他已成林家之首腦。
林季商亦有近代事業之頭腦，有意經營金融業。1903年12月間，他籌設一信用組合以為中部之金融流通機構，名曰「有本公司」。其辦法是：(1)資本金定為十萬圓，向臺灣銀行貸出，再貸予他人；(2)以自有之田園為抵押，向臺銀貸款，而貸予他人時，亦取田園為擔保。由於未有進一步資料，不知總督府是否批准。1904年，林朝棟在大陸死後，林季商等林姓族人依然投身於工商業之發展，如1905年，林季商、林烈堂、林資彬、林獻堂等族人之創設「嘉義製腦組合」，以發展阿里山之製腦業。
