林家面對割臺不能不與現實妥協，基本上留一部分族人在臺以承管家產，必要時甚至與日人合作，以維護身家安全，尤其是與清廷較疏遠的頂厝系（林奠國系）。然而，族人的內心終是矛盾的，因而形成各種反應模式，可分為政治上的順從、經濟與社會面的合作、生活上的避世等。
（一）政治上的順服
1895年，日軍佔領臺北後不久即派兵南下，沿途曾遭逢臺灣民軍之抵抗，但均一一擊敗進抵中部，而林家基本上採取順服政策。
據稱林朝棟離臺內渡時，告誡堂弟林紹堂（朝選）毋生事，因此林家並未領軍抵抗，但亦不捐助兵餉。日人甚至有報告稱，林朝棟曾派人赴某師司令部，請求歸順，並獻納武器；日軍佔領彰化時，又來履行前約，表明永遠歸順之意。按，朝棟在日人攻彰化前已內渡，此事當予存疑。惟林朝棟擁有能戰之鄉勇，未曾抵抗即行內渡，頗引起物議。有傳聞稱林朝棟之弟某人曾引日軍入臺中，以保家產與報私怨；也有人毀謗林朝棟接受日軍100元而返唐山；又有人用泥土塑朝棟像加以凌辱。這些顯然是因對林朝棟失望而生的謗詞，不可盡信。
至於其他林氏族人是否曾派人與日軍洽談，不得而知。據林家族譜記載，清廷下詔割臺後，官員多內渡，地方治安迅速惡化，林文欽曾派鄉勇巡邏各地，保護行旅居住安全，免除盜賊之患。至於林文欽有無可能基於治安的理由，派人與日軍洽商，以早日恢復秩序，待考。按，清時社會治安不佳，盜匪往往趁戰亂時胡作非為，臺灣既已為清廷所棄，紳民為保鄉、保身家，多有迎接日軍以求早日恢復秩序之事。據傳，日軍曾駐屯阿罩霧，首先騷擾林家，而林家的因應是「婦女亦不許避」，真相如何待考，但可知林家對日軍至少採取順服的態度。
光緒22年（1896）5月22日、23日，北投（今南投，含草屯鎮）居民憤于日軍之屠殺，乃群聚欲進攻大墩（臺中縣治），各姓響應；據稱林文欽、林紹堂欲從中攔阻，紹堂勸告他們延至次日再攻，但23日晚，攻大墩者因逢大雨，火攻未成，眾乃散歸。《族譜》亦稱光緒22年6月，土匪猝發，襲南投、攻臺中，鄰近莊人亦蠢蠢欲動，林文欽遣人諭止。二者所記當是同一事，惟日期一曰5月，一曰6月。由上例可知，林家由屈從日本統治，進而主動協助維持治安，以免家族權益受影響，可見林氏族人至少在形式上已接受日人之對臺統治權了。
清末頂厝林文欽因與清廷關係較疏，且其母羅太夫人年邁，不耐波濤，又奉有林朝棟指令，因此並未離臺，而時年15歲之長子獻堂奉羅太夫人之命，率全家40餘口內渡泉州晉江縣避難。其後因當時泉州鼠疫流行，而所攜資財有限，乙未之役結束後，林獻堂又帶家人返臺。此後，頂厝林家在日治時反而逐漸超越下厝，與此一決定有關。
