美國芝加哥大學的社會學家薩林斯（Marshall Sahlins）曾經出書討論孔子學院如何影響學術環境，他批評澳洲新南威爾士政府與中國的孔子學院合作很「危險」，因為這不單牽涉大學，也有省政府的教育部門。
德國的法蘭克福大學哈爾蒂希（Falk Hartig）曾經研究澳洲的孔子學院，他點出中澳在這方面的合作，最特別的地方是針對的目標，在澳洲的孔子學院項目似乎是針對年輕學生和兒童。
他說，「這與教授成年學生有一點分別，成長學生會思考去了孔子學院會有什麼意義。」
他的研究引述了一位孔子學院的高層，指不會花錢請達賴喇嘛到訪，以避免得罪中國方面。
孔子學院：指控欠理據
澳洲弗林德斯大學（Flinders University）語言學高級講師吉爾（Jeffrey Gil）認為指控欠缺證據，他認為孔子學院以教授語言及文化活動為主，不一定涉及台灣、西藏和南海等問題 ，而孔子學院確實提供了語言方面的師資、教材，對那些資源不足的學校有利。
代表160名中文老師的新南威爾斯省漢語老師協會表示，沒證據顯示這些學院或課程有政治內容，並指課程跟足當局標凖，在這些學校任教的並非「助理」，而是在當地有執教資格的教師。
對於孔子學院被指傳授中國版本的歷史、意識、政治理解、傾向中國的論述，澳洲格里菲斯大學旅遊孔子學院副主任丁培毅教授對BBC中文表示，這個說法是錯誤的。
他說，所有孔子學院的教材根據澳洲當地的需求來製作，學院沒有受到政治影響，而是一些個別媒體炒作、歪曲。實際上，當地居民十分歡迎孔子學院去組織活動，傳授中國文化知識與漢語。
「我可以很明確地告訴你，在澳洲，我們所有的孔子學院，他們教授的東西和材料，絶對沒有像一些個別媒體報導說是有什麼政治，」丁培毅教授說，「教材都是公開的，可以問當地學生，學院教了什麼東西。」
「我一直堅持認為，孔子學院對促進中外的文化交流，是起到了積極的作用，這點是不容置疑的。」他說，在澳洲這個爭議沒有像在美國那麼大，批評美國是「故意要把事情弄大，沒有新聞找新聞」。丁培毅教授說，自己雖然不太了解澳洲近日出台的「反外國干預法」，但他不認為法例是針對中國。他又指澳洲一些政客，帶有「反全球化」和「民粹主義」的特質，有一些較為「極端」的訴求，提出了比較具偏見的觀點。
