孔子學院致力推動外國人學習中文以及中國文化，被視為中國試圖對外宣傳其「軟實力」的舉措，但孔子學院執行上卻反而突顯中國的「銳實力」，例如要求與美國學府簽署契約時有保密協議，不透露資助金額；教材只跟隨中國版本的論述等等，令學術界憂慮損害學術自由。
近期，美國有幾家大專院校相繼關閉中國政府資助的孔子學院，最新一間是美國北佛羅里達大學，校方認為孔子學院的教學與大學理念不相符，決定終止合作。
學者認為，孔子學院雖然掛上「孔子」之名，但事實上與孔夫子思想沒有關係，而雖然英法德也在不同國家設立文化機構，但一般會遵守所在國的法律，尊重當地提倡的言論及學術自由，而並非像中國般強行把自己的一套帶到其他國家。
疑慮一：學術自由
中國2004年起在國外設立多所孔子學院，截至去年底，全球有140多個國家、設立了超過500多間孔子學院。美國目前有過百間孔子學院。
美國北佛羅里達大學在14日發表聲明，表示經過「仔細考慮」後，宣佈關閉中國孔子學院。校方聲明說，「審視了過去4年的課堂活動以及資助活動，發現與學校的目標和使命並不相符。」校方沒有列明關閉學校的原因，只是交代按法律規定，6個月前發出通知，明年2月將會關閉孔子學院。
美國參議員盧比歐（Macro Rubio）在Twitter上表示歡迎校方決定。
I welcome the decision of @UofNorthFlorida to close its Confucius Institute. There is growing & well-founded concern about these Chinese Communist Party-funded Institutes. I continue to urge other FL universities to follow suit. https://t.co/NcwuuvKURx
— Senator Rubio Press (@SenRubioPress) 2018年8月14日
盧比歐在今年2月曾致函敦促佛羅里達州的大學關閉孔子學院。他在信中指出，中國干預多邊機構，對維權人士及家屬進行恐嚇，又對國外出版社及社交媒體公司實行審查制度，這些疑慮是不應該辦孔子學院的原因。他表示，孔子學院的教職員大多從中國招聘，由中國教育部訓練，除了影響就業市場，亦可能有自我審查的問題。
除了北佛羅里達大學，美國芝加哥大學、賓夕法尼亞大學、西佛羅里達大學也先後終止與中國孔子學院的合作關係。其中，芝加哥大學在2014年，有過百名教授聯署反對設立孔子學院。德國、法國、瑞典、加拿大也先後有大學停止與孔子學院的運作。
美國全國學者協會研究項目總監蕾切爾‧彼德森（Rachelle Peterson）以電郵回復BBC中文查詢時表示，已經有9間美國大學關閉孔子學院，協會讚揚校方的決定，呼籲其他大學跟隨關閉孔子學院。
她說，「孔子學院限制了有關中國的論述，為中國政府的形像洗白，這種宣傳手法不應在高等學府中存在。」
2017年，彼德森為協會撰寫報告，指孔子學院刻意避開中國政治歷史、人權問題，又強行承認台灣、西藏是中國一部分，其中，這些學院不會談論六四天安門事件，如果在課堂上討論「天安門」，就會展示「天安門」的圖片，指出其建築很漂亮。
