對於境內族群，蒙古陸續施行了一些管理措施，整合來看就是蒙元的族群統治政策。一般的說法認為蒙元朝廷將人民分成四種，即蒙古、色目、漢人、南人，其中蒙古人的地位最高，色目人次之，漢人再次，南人地位最低。由於人分四種而有等級，今日多以「四等人制」稱呼蒙元的族群政策。經過了長期的討論，學界對於這些說法有些補充與修正，在加入更多角度的觀察後，也對蒙元的統治策略提出了更多的解釋。
分族而治
討論「四等人制」的族群劃分方式與各族的待遇落差，最常被作為例證的現象是科舉的族群配額制。元代科舉將考生分成蒙古、色目、漢人、南人等四種，其中的分類可以證明元朝是有四大族群的劃分。考試時分「右榜」與「左榜」，蒙古、色目考生考難度低的「右榜」，漢人、南人考難度高的「左榜」，加上錄取率的厚此薄彼，這些措施可以證明元朝對於四大族群存在著差別待遇。
但在這些制度中，也能看到所謂「分族」與「歧視」的情形並不單純。在「歧視」的部分，對漢族士人而言，名額設定與分榜考試的做法自是不公，但如結合到區域配額制，這些做法也可以說是為了照顧弱勢族群。所謂的弱勢族群，在族群配額制中，便是指較難擁有豐富的漢人學問學習資源的蒙古、色目考生。在「分族」的部分，一般總說蒙元是以金、宋舊境為劃分標準，舊金地區之人屬於漢人，舊宋地區之人屬於南人，但在鄉試一關的族群配額中，多屬舊宋境地的四川行省卻只有「漢人」的名額，當地的考生在科舉制度中屬於「漢人」。科舉制度的設定提醒我們，元朝的族群分類標準比一般的說法更為複雜。
先談「分族」的問題。如果僅是想要概略地解釋蒙元時期「四大族群」的成分，或許可以說「蒙古人」約是生活在蒙古草原的人，蒙古以西之人則是「色目人」，以東以南之人是「漢人」，舊宋地區之人是「南人」。此時，色目人與漢人的界線就在金夏之間，所以舊夏地區的唐兀人（又作唐古人）是色目人，舊金地區之人是漢人。不過這個說法忽略了時間的變化，單從「南人」必須要等到元朝征服宋朝之後才會出現的情形，便可得知「四大族群」的設定會隨著時勢而調整，調整的原因又在於蒙元政權統治需求的改變。
由於是基於蒙元政權的統治需求而生，分族的辦法受到了政策的影響。北族政權的統治原有因俗管理的傳統，蒙元多有延續。在實務上，分族立法集體管理也是方便，政令宣達可以逐類通說，因此在蒙古政權逐漸納入多樣族群後，各種人群分類的措施便陸續出爐。對蒙古人而言，南方人們的樣貌與風俗看起來差不多，管理辦法便可集體設定，「漢人」的類型就在政策的討論中逐漸成形。在大蒙古國時期逐漸成形的「漢人」，便包含了生活環境、文化傳統看起來與真正的漢人差不多的女真人、契丹人，甚至是高麗人。
