經過風起雲湧的1990年代，當響徹雲霄的獨立口號沉寂，波瀾壯闊的民族情緒平靜之後，波海三國了解狹隘的民族主義是經濟發展的包袱，而無謂的政治鬥爭更是社會進步的絆腳石。恢復獨立只是新時代的序幕，放下悲情歷史，帶著歲月的智慧和年輕的活力，波海三國走上國際舞臺，立足波海，放眼世界，受到全球的關注和期待。
重返國際社會，波海三國不再是強權大國陰影下僻居一隅、乏人問津的小國，而是繽紛的世界地圖上風華獨具、意氣風發的三個獨立國家。和國際接軌，與世界同行，面對新的責任和挑戰，這是一個歷史性的機會，結束世界史的舊章，開展與全球互動的新的史頁。
自十一世紀下半葉起，天主教對促使愛沙尼亞人改信基督教的活動日益關心注意。1070 年不來梅大主教阿達爾貝爾特(Adalbert) 任命西爾勤尼烏斯(Hiltinus) 修士為波羅的海民族的主教，西爾勤尼烏斯在一無所獲的兩年傳教事業之後，只得交出權杖。1167 年傅爾科(Fulco) 任主教職，隨後羅馬教皇訓諭，任命愛沙尼亞裔的尼古拉斯(Nicolaus) 修士為傅爾科的助手， 並呼籲所有的信徒給予支持。據傳，傅爾科在1170 年代初期曾經來到愛沙尼亞。東愛沙尼亞的基督教信仰來自古羅斯，愛沙尼亞語中的許多相關字彙借自俄語便是例證。起初愛沙尼亞人顯然對基督教以及新的宗教並無任何敵意，十三世紀初引燃的慘烈爭鬥和不妥協的抵抗，則是外來宗教強加於人所導致的後果。
十二世紀，日耳曼人開始向東推進，經過一段時間後，已對愛沙尼亞的命運產生重大的作用。在所征服的西斯拉夫人居住地上，日耳曼人於1143 年建立呂貝克城，成為繼續東進的據點。
十二世紀末，日耳曼商賈經常往來道加瓦河下游的利沃人居住地，就在商賈的居中運作之下，1184 年修士梅恩哈爾德來到利沃人的土地，開始宣揚基督教義。1186 年漢堡不來梅大主教賜他高職，任命為利沃尼亞主教。在傳教的初期，外來的修士企圖營造印象，表示他們的目的僅限於傳播基督教。梅恩哈爾德不以武力與異教徒為敵，因此傳教活動對他而言，可謂嚴格的考驗。其後繼者貝爾托爾德則反其道而行，與利沃人尖銳對峙，在無計可施之下，貝爾托爾德只得回到日耳曼。1198 年貝爾托爾德率領首批十字軍騎士重返利沃尼亞，和不願接受基督教的執拗之利沃人周旋。十字軍雖然得勝，主教貝爾托爾德卻戰死沙場。1199 年剛毅且貪權的艾伯特任主教，帶來陣容浩大的十字軍遠征。1201年入侵者建里加城作為根據地， 1202 年組成專業軍人的宗教聯盟寶劍騎士團。如此一來，使異教徒改信基督教的原意，逐漸為征服波羅的海土地的企圖所取代。
