民族革命對於這個後殖民國家的影響，最明顯可見之處，也許是在宣布獨立之後那段充滿興奮的期間所頒布的憲法當中。在一九四五年八月齊聚一堂草擬這部憲法的那一小群人，察覺到必須迅速採取行動，並以明顯可見的論述支持強而有力的中央集權統治，於是設計了這麼一份基本文件，不但為總統職務賦予可觀的權力，並且設想了一個單一共和政府（也就是非聯邦式的共和政府）。
不過，這種世俗專制的單一國家絕非當時唯一的選項。受到提出的其他可能選擇還包括一個社會主義但非共產主義的國家，具備仿效西方國家的民主制度；一個仿效史達林的蘇聯而建立的共產主義國家；一個為各地的區域政府賦予高度自主性的聯邦國家；以及一個神權國家，國家法律採取某種版本的伊斯蘭律法。這些立場各自都有堅定的倡導者，在獨立抗爭之前就已一再爭取影響力與權力，在獨立之後的那些年間，對於自己的勝利與失敗也懷有清晰而且滿懷怨恨的回憶。
最早的挑戰來自於伊斯蘭主義者，他們在印尼宣布獨立的時候要求憲法內容應該規定伊斯蘭律法適用於身為穆斯林的絕大多數印尼公民。這項要求提出於一份稱為《雅加達憲章》的文件裡，後來以些微的票數差距遭到拒絕，而且其倡導者聲稱這是不公平的投票過程所造成的結果。於是，印尼成了一個世俗國家，所有宗教一律平等。伊斯蘭主義者提出的挑戰沒有因為這項失敗而畫下句點。相反的，到了一九四八年，一項稱為「伊斯蘭之域」（Darul Islam）的反叛運動已然興起，要求成立一個伊斯蘭國家。
伊斯蘭之域以及其武裝組織印尼伊斯蘭軍（Tentara Islam Indonesia）在國內部分地區獲得強烈支持，尤其是西爪哇與亞齊，還有南蘇拉威西與南加里曼丹，並且對於共和國持續造成威脅，直到一九六○年代初期才終於遭到打敗。剿滅伊斯蘭之域的行動代表了陸軍中央權力在爪哇內外地區的大幅深化，而這項反叛運動也造成世俗民族主義者以及陸軍內部，對於伊斯蘭主義懷有深刻的不信任。打擊伊斯蘭之域的漫長軍事行動，也為陸軍提供了發展反叛亂戰略與戰術的機會，包括惡名昭彰的「人牆」（fence of legs）戰術，也就是動員村民在軍方認定是伊斯蘭之域基地的地區圍成一條人鏈，把叛亂人士趕出來。這類戰術令人不寒而慄地預示了陸軍在一九六五年之後清剿印尼共產黨的行動，也堪稱為那項行動提供了藍圖。
另一項重大挑戰來自於左翼的政黨，這些政黨到了一九四八年已發現自己與共和領導層愈行愈遠，尤其是共和政府的保守派支持者馬斯友美黨（Masyumi）。左翼政黨認定必須推行真正的社會革命，而不只是單純的民族解放，同時又遭到對於武裝部隊「合理化」的計畫所威脅，因此開始採取批評共和領導層的立場。一九四八年中，在一個名為慕梭（Musso）的戰前印尼共產黨人物返回印尼不久之後，批評即轉變為公開反對，因為慕梭把左派重新集結於新近激進化的印尼共產黨領導之下。一九四八年九月中，就是在這樣的背景當中，東爪哇茉莉芬這座鄉下小鎮的左派官員及軍事部隊和共和軍發生衝突，並且宣布成立「國民陣線政府」。茉莉芬的起事雖然看起來是一項出乎印尼共產黨全國領導層意料之外的地方事件，共和領袖與外國政府卻立刻指控印尼共產黨發動政變，而且隸屬於蘇聯在這個區域推翻民族主義政府的陰謀。馬斯友美黨的領導人物也加入指控，呼籲對抱持無神論的印尼共產黨發動聖戰，同時動員其準軍事組織真主黨與聖戰軍（Sabilillah）協助軍方。在接下來的幾個星期裡，共和部隊在那個地區的各處發動突襲，西自中爪哇的沃諾吉里（Wonogiri），東至東爪哇的諫義里。在那些行動當中，他們逮捕了三萬五千名左右的印尼共產黨員，也殺害了許多人（有些是在血腥的集體處決當中），包括慕梭以及至少十幾名印尼共產黨高層領袖。
