而巴基斯坦政治鬥爭和暴力頻發，還有更加深層的原因。
巴基斯坦多族群的民族構成和分佈，也讓巴基斯坦內部矛盾根深蒂固。巴基斯坦雖97%以上公民為穆斯林，但民族構成卻多樣。其中包括旁遮普人、信德人、普什圖人、俾路支人等族群，相互之間文化和習俗差異很大，各分佈於不同區域聚居，又在伊斯蘭馬巴德和卡拉奇等大城市混居，複雜歷史恩怨和現實利益衝突交織在一起。「巴基斯坦」國名的英文「Pakistan」即是全國不同地區首字母拼成，其捏合在一起，只是因為宗教信仰相同、對抗印度的需要，但內部矛盾始終存在且對抗激烈。
相對於巴基斯坦世俗政府及各地官員，各地宗教領袖和宗族頭人往往有更大影響力，也更多依靠法律之外的方式解決糾紛，碎片化的權力分佈和「法不下地方」的現實，也加劇了中央與地方、地方各勢力間的衝突及其暴力與無序性。
經濟長期不振則是巴基斯坦各種矛盾和暴力的催化劑。獨立和建國以來，巴基斯坦經濟長期萎靡，缺乏強大和可靠的支柱產業，科技實力薄弱，腐敗和暴力進一步損害了經濟。如分離組織「俾路支解放軍」發動恐怖襲擊攻擊中國在內的外國投資者和工人，就嚴重影響巴基斯坦吸引外部投資和勞工。而有限的財政和資源大量傾斜給軍警與情報機構，也削弱了經濟部門應得到的支援。
多種因素共同作用下，巴基斯坦幾十年裡一直處於國民普遍貧困和暴力頻繁的狀態。而貧困和暴力又反過來加劇了族群間、政治派別間、階級間、人與人之間的矛盾，破壞經濟社會發展。
雖然巴基斯坦因為戰略位置重要，以及各種歷史、政治、宗教淵源，美國、中國、沙特等國都給予巴基斯坦較大支持。但巴基斯坦並沒有有效利用這些援助，相反過於依賴援助，而缺乏經濟造血自生能力。加之其他複雜的內外問題，巴國經濟發展緩慢、社會長期停滯、城鄉和區域發展水準差異巨大。首都伊斯蘭馬巴德和北部邊境的發展狀況和人文風貌，就像完全兩個截然不同的國家。
巴基斯坦的落後，與其近鄰兼強敵印度對比頗為明顯。印巴分治時，印度人口和綜合實力當然更強，但人均GDP和城市化水準巴基斯坦更勝一籌。在1980年代及以前，巴基斯坦人均GDP長期領先印度，但1990年代及之後逐漸被印度反超。莫迪執政後的印度更是迅速發展，巴基斯坦則仍然停滯不前。
近年印度年均增長7%左右，巴基斯坦只有2.5%的增速。如無改觀，差距將越拉越大。而在綜合國力和國際影響力上，巴基斯坦更越發落後於印度。曾經在印巴衝突中較支持巴基斯坦的不少國家，日益倒向印度。印度在世界舞臺上越來越活躍和成為焦點，巴基斯坦則越發邊緣化。（值得一提的是，巴基斯坦人均GDP和增速也落後於曾經同屬一國、曾比巴基斯坦（原西巴基斯坦）落後的孟加拉（前東巴基斯坦））
