表面上看似美事一樁，但另一位公平會委員魏杏芳卻在不同意見書中，以「天外飛來一筆」形容這條附款，如果原因是出於與結合案無關的動機，將違反「不當聯結禁止」原則。
魏杏芳向《風傳媒》記者說明，不當聯結禁止原則是用來約束行政機關避免濫用權力，無論是不當加諸人民處罰或給予利益都適用。就以本案來說，憑藉如此寬鬆又無甚關聯的捐款承諾，就認定有助於整體經濟利益而允許結合，實質上是對其他事業的差別待遇或損害，因為他們也能要求比照辦理，或是可能無力提出滿足公平會的數字。
對此，公平會副主委陳志民表示尊重個別委員的獨立意見，但他坦言，對於事業結合案的審理重點，主要考量整體經濟利益，兼顧上下游供應商、消費者的權益，以往確實較少標榜CSR概念，這次是有委員主動提出額外要求，而非傳統上審理結合案的典型態樣，所以當時在新聞稿中並未特別強調。
魏杏芳提「萬言書」 反對全聯併大潤發
據了解，當初公平會委員會議審理此案，出席的7位委員是以4比3拍板定案，堪稱驚險過關，除了魏杏芳表示將提不同意見書，蔡文禎、謝智源等委員也有表示意見，包括全聯吃下大潤發將造成量販超市相關市場前三大事業全體市占率超過四分之三，已達公平交易法「獨占事業認定標準」以及公平會對於結合申報處理原則第10點的「顯著限制競爭疑慮」。
此外，多種經濟分析方法也指出，全聯提價的可能性，將因結合水平競爭對手而大為提高，造成消費者利益減損；所附負擔條件無法消除結合後的漲價疑慮，尤其關於「不得任意漲價」的限制缺乏明確定義，徒增後續監督成本。
魏杏芳在這份超過一萬字的不同意見書中，言辭犀利直指公平會放行全聯併大潤發的可議之處。首先，全聯與大潤發都屬於經濟部統計處分類的綜合商品零售業，雖然全聯接近其中的「超市」，大潤發的定位則屬於「量販店」，但從現代商業價值鏈整體觀察，全聯與大潤發都是與終端消費者直接接觸的零售「通路業」，成為商品能被消費者看見的最主要中介，就算網購、電商對實體零售通路帶來一定程度的競爭壓力，但仍不足以撼動全聯、大潤發這類實體通路在零售業的關鍵性地位。
根據統計，全聯在超市業獨占鰲頭，若以營業額計算市占率，全聯是單獨過半的零售通路，已經具有列入獨占事業認定的資格。即便將量販店與超市界定為同一市場，全聯與排行第二的Costco相較，仍有超過10個百分點的市占率差距，如今全聯再以收購方式跨入零售式量販市場，取得在量販市場原先已有11.3%市占率的大潤發，持續擴大與第二名的差距。
