第二點，以業者過去七年的最大排放量選其中一年做為基準值，這種管制方式可能發生的問題是，有些廠商目前的排放量低於這個基準值，不但不必減量，基準值扣掉目前實際排放值的空污量，又可保留到交易平台賣給要進入高屏地區的新產業。這一部分有可能導致污染量不減反增。
另一個問題是，未來空污量可以進行抵換交易，例如甲地的工廠要擴廠，可以向乙地的某廠購買空污量，但高屏地區這麼大，各區污染情況差異很多，有些污染量大的地區(例如高雄大林蒲)，透過這個交易機制，污染量卻反而會增加。
還有依環保署訂定的《新設或變更固定污染源審核規則》，未來一個新設工廠可以取得抵換污染的方式，除了可以跟其他有保留額度的業者買以外，還有「其他經中央主管機關認可的排放量」。意思是說，業者可以自己提出減量方法，但必須經過認可，可想而知未來一定會出現類似「洗掃街」這種無法實質減量的方法。想像一下這個情況：在高雄設石化廠，然後到屏東洗掃街，這樣你可以接受嗎？
所以，空污總量管制並無法解決某些污染嚴重地區的困境，未來高雄市政府還是要透過其他方式促成減量。另外，環評制度也要在工廠新設或變更時盡到把關之責。還有就是，空氣的申報及執法一向困難，不像廢棄物或廢水一目了然，長期而言就是貓抓捉老鼠，申報及稽查如何落實，才是未來最大的挑戰。
總之無論如何，高屏空污總量管制終於在許多人的努力下跨出第一步，經濟部也願意輔導產業減量因應，一切都朝向好的方式前進，期待未來高雄能因此轉型，既能維護空氣品質，又能促成經濟發展，這才是推動空污總量管制最大的意義。
